PDB-8f03: Thaumatin Anomalous Dataset at 293 K and 12 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f03

タイトル

Thaumatin Anomalous Dataset at 293 K and 12 keV

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / sweet-testing protein

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f03.cif.gz	131.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f03.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f03_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f03_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	8f03_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	8f03_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.937, 58.937, 151.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 発現宿主: Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 5 uL 24% potassium/sodium phosphate, 15% ethylene glycol, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6 + 5 uL 20mg/mL thaumatin in distilled water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→38.323 Å / Num. obs: 54660 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 52.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.39→1.41 Å / 冗長度: 52.3 % / R_merge(I) obs: 5.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2617 / CC_1/2: 0.686 / R_pim(I) all: 0.713 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.39→38.323 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.983 / SU B: 1.541 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1374	2737	5.022 %
R_work	0.1113	51768	-
all	0.113	-	-
obs	-	54505	99.769 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.145 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.145 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→38.323 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1552	0	11	157	1720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.66	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.628	1.561	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.51	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.643	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.08	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	819
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.324	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.175	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.377	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.536	1.982	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.539	1.978	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.8	2.983	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.8	2.988	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.715	2.571	835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.716	2.569	834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.33	3.597	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.33	3.596	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.362	33.548	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.552	29.656	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.231	3	3163

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.39-1.426	0.342	191	0.306	3661	0.307	3950	0.91	0.931	97.519	0.299
1.426-1.465	0.297	177	0.259	3703	0.26	3883	0.936	0.951	99.9227	0.247
1.465-1.508	0.194	201	0.209	3542	0.208	3745	0.975	0.968	99.9466	0.191
1.508-1.554	0.249	169	0.169	3496	0.173	3665	0.958	0.979	100	0.147
1.554-1.605	0.165	194	0.146	3336	0.147	3530	0.981	0.985	100	0.121
1.605-1.661	0.161	165	0.127	3276	0.129	3441	0.984	0.989	100	0.103
1.661-1.724	0.129	172	0.107	3148	0.108	3320	0.99	0.993	100	0.084
1.724-1.794	0.131	174	0.092	3036	0.094	3210	0.99	0.995	100	0.073
1.794-1.873	0.119	157	0.078	2909	0.08	3066	0.991	0.996	100	0.062
1.873-1.965	0.116	152	0.073	2832	0.075	2984	0.992	0.997	100	0.059
1.965-2.071	0.108	153	0.067	2642	0.069	2796	0.993	0.997	99.9642	0.056
2.071-2.196	0.095	143	0.068	2541	0.07	2684	0.994	0.997	100	0.059
2.196-2.347	0.114	143	0.078	2373	0.079	2517	0.992	0.997	99.9603	0.07
2.347-2.534	0.109	105	0.077	2256	0.079	2361	0.993	0.996	100	0.069
2.534-2.775	0.101	96	0.081	2084	0.082	2180	0.994	0.996	100	0.075
2.775-3.1	0.117	98	0.095	1898	0.096	1997	0.991	0.994	99.9499	0.093
3.1-3.576	0.121	76	0.105	1702	0.105	1778	0.991	0.994	100	0.107
3.576-4.37	0.139	65	0.111	1460	0.113	1525	0.988	0.992	100	0.122
4.37-6.141	0.147	62	0.137	1159	0.138	1221	0.992	0.991	100	0.157
6.141-38.323	0.211	44	0.207	715	0.208	759	0.978	0.974	100	0.225

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.402 Å / Origin y: -24.623 Å / Origin z: 4.883 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.039 Å²	-0.0137 Å²	0.005 Å²	-	0.0231 Å²	-0.0065 Å²	-	-	0.0036 Å²
L	0.1404 °²	-0.1511 °²	-0.0509 °²	-	0.2841 °²	0.3692 °²	-	-	0.9683 °²
S	0.0299 Å °	0.0132 Å °	0.0099 Å °	-0.034 Å °	-0.0234 Å °	-0.0082 Å °	-0.0809 Å °	0.0123 Å °	-0.0065 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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