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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ezl | ||||||
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タイトル | Pfs25 in complex with transmission-reducing antibody AS01-50 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Pfs25 / transmission-blocking vaccine | ||||||
機能・相同性 | Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / side of membrane / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / cell surface / plasma membrane / 25 kDa ookinete surface antigen![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shukla, N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A human antibody epitope map of the malaria vaccine antigen Pfs25. 著者: Shukla, N. / Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Long, C.A. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Miura, K. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 205.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ezkC ![]() 8ezmC ![]() 6phbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20033.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate NF54 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 29721.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate NF54 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: ![]() |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M lithium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, and 25% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033132 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.8 Å / Num. obs: 18026 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 48.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.03684 / Net I/σ(I): 14.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 1731 / CC1/2: 0.815 / Rpim(I) all: 0.3006 / % possible all: 94.75 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6PHB 解像度: 2.3→46.8 Å / SU ML: 0.3389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.6157 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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