+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ezk | ||||||
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Title | Pfs25 in complex with transmission-reducing antibody AS01-04 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Pfs25 / transmission-blocking vaccine | ||||||
Function / homology | Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / side of membrane / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / cell surface / plasma membrane / 25 kDa ookinete surface antigen Function and homology information | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Shukla, N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Npj Vaccines / Year: 2023 Title: A human antibody epitope map of the malaria vaccine antigen Pfs25. Authors: Shukla, N. / Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Long, C.A. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Miura, K. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ezk.cif.gz | 545.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ezk.ent.gz | 377.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ezk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ezk_validation.pdf.gz | 451.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ezk_full_validation.pdf.gz | 457.7 KB | Display | |
Data in XML | 8ezk_validation.xml.gz | 28 KB | Display | |
Data in CIF | 8ezk_validation.cif.gz | 38.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ezlC 8ezmC 6phbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 20033.076 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (eukaryote) Strain: isolate NF54 / Plasmid: pHL-Sec / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P13829 #2: Antibody | Mass: 27552.330 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pHL-Sec / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M potassium thiocyanate, 23% PEG 3350. Cryoprotected in 30% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→38.06 Å / Num. obs: 34702 / % possible obs: 99.75 % / Redundancy: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 50.85 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.04285 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Redundancy: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 3380 / CC1/2: 0.694 / CC star: 0.905 / Rpim(I) all: 0.5615 / % possible all: 98.66 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6PHB Resolution: 2.3→38.06 Å / SU ML: 0.3172 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.7193 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→38.06 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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