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万見
- PDB-8ezi: A tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon bon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ezi
タイトルA tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon bond in lactate racemase R98A/R100A variant modeled with separated sulfite and NPN
要素Lactate racemase
キーワードISOMERASE / Catalytic activity / isomerase activity / racemase and epimerase activity racemase acting on hydroxy acids and derivatives / metal ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate racemase / lactate racemase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / Lactate racemase N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4EY / NICKEL (II) ION / SULFITE ION / Lactate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Gatreddi, S. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1807073 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128959 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Irreversible inactivation of lactate racemase by sodium borohydride reveals reactivity of the nickel-pincer nucleotide cofactor.
著者: Gatreddi, S. / Sui, D. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
履歴
登録2022年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年5月1日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Lactate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,23416
ポリマ－47,1531
非ポリマー1,08115
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.011, 79.092, 121.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Lactate racemase / Lar / Lactate racemization operon protein LarA


分子量: 47153.289 Da / 分子数: 1 / 変異: R98A, R100A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larA, lp_0104 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: F9USS9, lactate racemase

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非ポリマー , 8種, 224分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-4EY / 3-methanethioyl-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-5-(sulfanylcarbonyl)pyridin-1-ium / Dithiodinicotinic acid mononucleotide


分子量: 396.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Sodium HEPES/MOPS (pH 7.5), 60 mM Magnesium chloride hexahydrate, 60 mM Calcium chloride dihydrate, 27% Ethylene glycol and 14% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→37.79 Å / Num. obs: 29029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Rpim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 4.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2074 / Rpim(I) all: 1.62 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EZF

8ezf


解像度: 1.99→37.79 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 1418 4.89 %
Rwork0.1825 --
obs0.1845 29024 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→37.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 56 209 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.014457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.093460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.060.24841330.22322669X-RAY DIFFRACTION98
2.06-2.150.30731260.22592751X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.240.28361370.20922705X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.360.24141520.20512712X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.510.24991220.19482751X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.70.2361420.18632747X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.970.24831230.19232770X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.40.23641540.1842772X-RAY DIFFRACTION100
3.41-4.290.17361580.15162802X-RAY DIFFRACTION100
4.29-37.790.19181710.1642927X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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