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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ezf | |||||||||
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タイトル | A tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon or sulfite-carbon bond in lactate racemase R98A/R100A variant | |||||||||
要素 | Lactate racemase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / Catalytic activity / isomerase activity / racemase and epimerase activity racemase acting on hydroxy acids and derivatives / metal ion binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Gatreddi, S. / Hausinger, R.P. / Hu, J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023 タイトル: Irreversible inactivation of lactate racemase by sodium borohydride reveals reactivity of the nickel-pincer nucleotide cofactor. 著者: Gatreddi, S. / Sui, D. / Hausinger, R.P. / Hu, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ezf.cif.gz | 103.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ezf.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ezf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ezf_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ezf_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ezf_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ezf_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ezhC 8eziC 5huqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#1: タンパク質 | 分子量: 47153.289 Da / 分子数: 1 / 変異: R98A, R100A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) 株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larA, lp_0104 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: F9USS9, lactate racemase |
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-非ポリマー , 7種, 194分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-ENJ / ( | #6: 化合物 | ChemComp-NI / | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Sodium HEPES/MOPS (pH 7.5), 60 mM Magnesium chloride hexahydrate, 60 mM Calcium chloride dihydrate, 20% Ethylene glycol and 10% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→37.97 Å / Num. obs: 23345 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1921 / Rpim(I) all: 0.45 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HUQ 解像度: 2.15→37.97 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.43 Å2 / Biso mean: 27.6493 Å2 / Biso min: 9.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→37.97 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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