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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ew6 | ||||||
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タイトル | Anti-human CD8 VHH complex with CD8 alpha | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / CD8a / VHH / PET imaging | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / coreceptor activity / T細胞 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway ...cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / coreceptor activity / T細胞 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / 免疫応答 / external side of plasma membrane / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å | ||||||
データ登録者 | Kiefer, J.R. / Williams, S. / Davies, C.W. / Koerber, J.T. / Sriraman, S.K. / Yin, Y.P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Eur J Nucl Med Mol Imaging / 年: 2023 タイトル: Development of an 18 F-labeled anti-human CD8 VHH for same-day immunoPET imaging. 著者: Sriraman, S.K. / Davies, C.W. / Gill, H. / Kiefer, J.R. / Yin, J. / Ogasawara, A. / Urrutia, A. / Javinal, V. / Lin, Z. / Seshasayee, D. / Abraham, R. / Haas, P. / Koth, C. / Marik, J. / ...著者: Sriraman, S.K. / Davies, C.W. / Gill, H. / Kiefer, J.R. / Yin, J. / Ogasawara, A. / Urrutia, A. / Javinal, V. / Lin, Z. / Seshasayee, D. / Abraham, R. / Haas, P. / Koth, C. / Marik, J. / Koerber, J.T. / Williams, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ew6.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ew6.ent.gz | 83.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ew6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ew6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ew6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14563.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD8A, MAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01732 |
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#2: 抗体 | 分子量: 15018.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 15% PEG 3350 and 0.1M succinic acid pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 16891 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 48809 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NULL 解像度: 1.904→32.481 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.15 Å2 / Biso mean: 43.9277 Å2 / Biso min: 19.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.904→32.481 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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