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- PDB-7uvf: Crystal structure of ZED8 Fab complex with CD8 alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uvf
タイトルCrystal structure of ZED8 Fab complex with CD8 alpha
要素
  • (Immunoglobulin ...) x 2
  • T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / imaging / cd8
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation ...cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yu, C. / Davies, C. / Koerber, J.T. / Williams, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur J Nucl Med Mol Imaging / 年: 2023
タイトル: Preclinical development of ZED8, an 89 Zr immuno-PET reagent for monitoring tumor CD8 status in patients undergoing cancer immunotherapy.
著者: Ogasawara, A. / Kiefer, J.R. / Gill, H. / Chiang, E. / Sriraman, S. / Ferl, G.Z. / Ziai, J. / Bohorquez, S.S. / Guelman, S. / Wang, X. / Yang, J. / Phan, M.M. / Nguyen, V. / Chung, S. / Yu, C. ...著者: Ogasawara, A. / Kiefer, J.R. / Gill, H. / Chiang, E. / Sriraman, S. / Ferl, G.Z. / Ziai, J. / Bohorquez, S.S. / Guelman, S. / Wang, X. / Yang, J. / Phan, M.M. / Nguyen, V. / Chung, S. / Yu, C. / Tinianow, J. / Waaijer, S.J.H. / De Crespigny, A. / Marik, J. / Boswell, C.A. / Zabka, T. / Staflin, K. / Williams, S.P.
履歴
登録2022年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
B: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
H: Immunoglobulin heavy chain
L: Immunoglobulin light chain
Y: Immunoglobulin light chain
X: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8389
ポリマ－122,6756
非ポリマー1633
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)268.968, 59.441, 111.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-lymphocyte differentiation antigen T8/Leu-2


分子量: 14425.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD8A, MAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01732

-
抗体 , 2種, 4分子 HXLY

#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain


分子量: 23474.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Immunoglobulin light chain


分子量: 23437.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 175分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1M ammonium acetate 0.1M Bis-Tris pH6.0 17% PEG 10K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 48140 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 151360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.6-2.641.90.83819470.4420.6750.85478.4
2.64-2.692.20.83121890.3990.6340.92585.9
2.69-2.742.40.78222900.5050.5750.92791.90.977
2.74-2.82.60.62922660.5850.4560.94190.20.781
2.8-2.8630.58923430.7140.40.9592.50.716
2.86-2.933.30.45124600.790.2870.97598.50.537
2.93-33.40.36625140.8460.2310.94198.20.435
3-3.083.40.29924780.8890.1910.94998.70.357
3.08-3.173.40.23324800.940.1480.958980.277
3.17-3.283.30.19524580.9550.1260.99297.30.233
3.28-3.393.20.15124430.9730.0991.0197.30.181
3.39-3.533.30.10723010.9840.071.05290.30.128
3.53-3.693.50.09924890.9860.0621.24498.30.117
3.69-3.883.40.07824750.9920.0491.05698.10.092
3.88-4.133.40.05825180.9960.0370.99198.60.069
4.13-4.443.30.04525080.9970.0291.0298.20.054
4.44-4.893.40.03724040.9980.0241.03393.50.044
4.89-5.63.50.03625340.9980.0220.9599.30.043
5.6-7.053.20.03724560.9970.0240.98994.80.045
7.05-403.40.02625870.9990.0171.05496.70.032

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Internal

解像度: 2.6→34.3545 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 2430 5.05 %
Rwork0.1978 45698 -
obs0.2008 48128 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.14 Å2 / Biso mean: 76.7955 Å2 / Biso min: 30.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→34.3545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8170 0 8 172 8350
Biso mean--63.99 53.29 -
残基数----1078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01411450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2755389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.64940.38621100.3539217577
2.6494-2.7070.37311290.3206245187
2.707-2.770.33971390.2894260894
2.77-2.83920.31541410.2649251989
2.8392-2.91590.30861610.2552273999
2.9159-3.00170.30421570.2567279098
3.0017-3.09850.32581400.2497277098
3.0985-3.20920.30231450.2335274898
3.2092-3.33760.3421470.2353277497
3.3376-3.48930.26711250.2182259791
3.4893-3.67310.34011360.2153275898
3.6731-3.90290.26031700.1952278598
3.9029-4.20380.23681460.1691280999
4.2038-4.62590.18851260.1457268994
4.6259-5.29320.20171530.1414285599
5.2932-6.66090.23381470.1793280297
6.6609-34.35450.20731580.1778282995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.52910.16040.73582.49431.32230.93620.10060.27780.03450.0615-0.36430.2077-0.33050.12210.00050.5004-0.0020.03640.3603-0.02890.3991-72.30835.63551.66
21.7958-0.39920.13352.4345-0.96891.62020.05610.26170.01060.0059-0.0622-0.4062-0.34260.2358-0.00030.51390.00760.03770.3806-0.0660.4469-67.1136.9251.359
33.0990.20771.84842.328-0.23161.20130.21780.60680.3711-0.37450.0214-0.5499-0.4090.1993-0.00010.6252-0.06450.10330.3803-0.01430.5461-69.91161.42759.618
43.2441-0.7561.24222.88862.10252.6695-0.040.52650.1435-0.25390.22590.3913-0.3651-0.54870.00090.7017-0.02590.040.40090.0480.5241-79.0556.88253.06
53.3475-0.87930.91751.97171.20351.43330.07510.1341-0.0456-0.4538-0.0245-0.2206-0.2787-0.09170.00030.5793-0.0540.06350.24750.01410.4413-74.22355.79261.02
60.83450.31090.42741.2176-0.740.948-0.2848-0.6307-0.5202-0.04330.12040.1540.32950.3868-0.01370.64120.074-0.05380.5330.02080.6818-55.2514.17780.002
71.23860.1970.49343.9757-0.4343.0208-0.13270.0015-0.32420.0702-0.1176-0.35140.00720.2863-0.00010.41220.012-0.00250.3402-0.00010.463-60.47812.98772.609
80.97630.04730.80321.0760.36480.7572-0.28140.2417-0.3580.08830.2179-0.06360.6387-0.03230.00030.51080.05480.04460.52-0.02330.5643-63.0565.74471.791
90.39060.32050.1890.8567-0.40130.6090.73960.1277-0.2921-0.9283-0.4791-0.5903-0.58410.3462-0.00070.5090.0693-0.02260.52220.07620.7334-51.0058.28173.214
100.98980.76920.50870.62110.32762.4365-0.0655-0.3145-0.13160.4522-0.2726-0.48370.03050.4598-0.00060.4892-0.01820.03030.55720.10270.6789-52.94710.57578.439
110.0031-0.04320.04440.2859-0.28030.273-0.5156-0.2639-0.91350.45630.39230.1148-0.69740.6035-0.00030.91340.1184-0.16961.25050.11640.9814-27.5830.12894.914
120.6150.04870.05942.0297-0.36450.1293-0.0037-0.3078-0.04770.5643-1.0174-0.186-0.11470.808900.7408-0.1382-0.14551.37170.20420.9692-32.993.75496.504
130.0996-0.0645-0.130.08190.16370.2806-0.0919-0.44920.11380.4828-0.43650.16610.25030.3572-0.00270.8574-0.0911-0.10081.13380.14550.9336-34.912-4.83198.394
142.0568-0.58881.94561.854-1.17432.4134-0.2463-0.30.48020.6027-0.2847-0.627-0.68170.3441-0.00150.7227-0.1617-0.21180.576-0.01910.7822-49.6830.0679.082
150.1910.1995-0.1550.2776-0.30810.4318-0.479-1.02860.38860.5445-0.446-0.8471-0.48470.1842-0.20630.9402-0.3793-0.57171.29110.34241.0537-31.71524.79492.839
162.08311.35350.31651.6141-0.59441.1602-0.13950.4832-0.06060.2303-0.3017-0.7047-0.10611.00720.00020.7159-0.0411-0.13991.60990.381.1976-23.2548.63988.931
170.1192-0.4409-0.13341.71090.48410.1846-0.13880.24720.3027-0.4730.1613-1.2867-0.34950.76280.0250.6558-0.1152-0.18631.50330.40751.8659-13.64612.39390.495
180.3614-0.46010.32950.93460.01720.84440.2181-0.3065-1.17840.3183-0.28390.2295-0.1208-0.5582-0.02970.598-0.21950.02840.67980.18160.8908-109.05846.4275.075
190.77230.4005-0.02720.673-0.34910.51570.1479-0.7146-0.811-0.2182-0.07080.20610.1777-0.30160.00150.6314-0.108-0.00070.5260.15640.5642-99.76649.22172.209
200.3187-0.10910.11530.60870.44850.4527-0.1169-1.3382-1.1155-0.4569-0.31420.04140.21250.0714-0.12970.7751-0.0720.18920.99110.51240.8617-96.72943.58783.456
210.37-0.08940.31670.66810.14750.3517-0.2605-0.65-1.24870.07490.27760.4340.752-0.51270.03380.7745-0.1730.04280.7270.370.925-102.89143.19877.352
220.1014-0.00070.17570.2899-0.01940.317-0.23740.15280.1115-0.3550.49920.43380.4971-0.76990.00060.5274-0.059-0.0120.54440.0750.4464-97.88257.41673.868
231.75990.3794-0.30020.6425-0.37310.21990.032-0.6613-0.01280.0420.01580.51220.2634-0.31280.16250.6447-0.45170.07091.16580.6231.2205-122.64142.55684.834
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250.21520.49880.56581.17671.33071.5165-0.1356-0.23590.2951-0.9264-0.31580.30590.2596-0.9802-0.14750.6754-0.182-0.1051.49560.49510.8479-133.40264.42383.857
260.22720.2543-0.40720.2874-0.50241.3623-0.4865-0.3701-0.35650.22350.02730.23210.91130.24960.13160.7407-0.24970.13431.37540.85691.1102-120.7945.77991.02
270.0420.00870.0130.292-0.09730.3008-0.1815-0.13090.6543-0.2645-0.18020.494-0.00320.15270.0050.4488-0.0497-0.13851.60760.35121.1952-137.10669.20990.509
280.1573-0.09090.01640.2888-0.27430.2950.01030.33090.2123-0.14960.07610.15480.1282-0.558-0.00110.5606-0.0984-0.12041.58940.39371.2653-140.5755.60887.139
291.2573-0.8579-0.06841.3772-0.1580.89180.241-1.1503-0.0815-0.59220.02270.0647-0.05730.16090.12560.59150.07560.27051.4558-0.18340.3643-98.92164.91295.231
302.65090.5667-0.9410.1773-0.13670.46240.0884-1.7073-0.20710.5731-0.0978-0.25980.30680.21350.16890.5831-0.1108-0.03681.5371-0.02110.2602-89.97661.3490.248
310.13660.1832-0.36161.3094-0.45650.95250.2003-1.13830.6508-0.0838-0.24670.45410.0149-0.3985-0.00050.4726-0.1028-0.04110.7681-0.09030.4746-97.25862.8781.618
320.7790.6830.00441.20040.66780.71720.118-1.37820.43480.0880.0654-0.259-0.35160.17590.01070.5554-0.05980.03911.1139-0.18550.4475-88.65768.85686.692
331.86790.9457-0.32510.74460.36941.23030.0663-1.5639-0.09210.07640.02270.1539-0.0204-0.12620.00120.529-0.06330.00970.98690.07920.4287-96.35360.76185.635
342.608-0.7755-1.43120.63280.3360.794-0.7507-1.1270.64660.42010.3080.21570.2977-0.9824-0.20060.487-0.00190.24111.5197-0.22340.5136-111.4272.50195.737
350.44180.2702-0.45110.71560.08130.7852-0.5509-1.0991-0.0243-0.94710.46910.55020.12420.2052-0.04780.60740.029-0.02161.97170.3340.7776-130.59261.014101.074
360.8663-0.1996-0.18221.64220.06960.9137-0.1442-1.6067-0.59120.19830.55770.3760.1882-0.1499-0.08190.3444-0.08110.25162.33860.77540.7691-124.11557.589101.828
375.13931.9602-2.07771.3688-0.24811.341-0.1078-1.34390.12350.62510.46050.66570.1660.03280.95210.37110.07490.27852.2050.08210.8758-122.52264.668108.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:46 )A1 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 47:117 )A47 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:32 )B1 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 33:73 )B33 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 74:117 )B74 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 1:17 )H1 - 17
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 18:63 )H18 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 64:82 )H64 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 83:95 )H83 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 97:119 )H97 - 119
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 120:145 )H120 - 145
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 146:193 )H146 - 193
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 194:213 )H194 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 1:101 )L1 - 101
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 102:115 )L102 - 115
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 116:187 )L116 - 187
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 188:211 )L188 - 211
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN Y AND RESID 1:18 )Y1 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN Y AND RESID 19:38 )Y19 - 38
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN Y AND RESID 39:61 )Y39 - 61
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN Y AND RESID 62:90 )Y62 - 90
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN Y AND RESID 91:102 )Y91 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN Y AND RESID 103:114 )Y103 - 114
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN Y AND RESID 115:150 )Y115 - 150
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN Y AND RESID 151:163 )Y151 - 163
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN Y AND RESID 164:174 )Y164 - 174
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN Y AND RESID 175:190 )Y175 - 190
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN Y AND RESID 191:213 )Y191 - 213
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN X AND RESID 1:16 )X1 - 16
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN X AND RESID 17:39 )X17 - 39
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN X AND RESID 40:52 )X40 - 52
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN X AND RESID 53:82 )X53 - 82
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN X AND RESID 83:106 )X83 - 106
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN X AND RESID 107:118 )X107 - 118
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN X AND RESID 120:145 )X120 - 145
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN X AND RESID 146:199 )X146 - 199
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN X AND RESID 200:213 )X200 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る