PDB-8ew1: Structure of Bacple_01703-E145L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ew1

タイトル

Structure of Bacple_01703-E145L

要素

Glycosyl hydrolase family 16

キーワード

HYDROLASE / BACPLE_01703 / glycoside hydrolase of GH16 family

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-agarase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ulaganathan, T. / Cygler, M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The porphyran degradation system of the human gut microbiota is complete, phylogenetically diverse and geographically structured across Asian populations
著者: Mathieu, S. / Touvrey, M. / Poulet, L. / Drouillard, S. / Ulaganathan, T.S. / Segurel, L. / Cygler, M. / Helbert, W.

履歴

登録	2022年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ew1.cif.gz	194.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ew1.ent.gz	152 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ew1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ew1_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ew1_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8ew1_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	8ew1_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ew1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ew1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7snjC 7snkC 7snoC 8ep4SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase family 16

B: Glycosyl hydrolase family 16

C: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

97.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.720, 85.720, 112.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質

Glycosyl hydrolase family 16

分子量: 31736.590 Da / 分子数: 3 / 変異: E145L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア)
遺伝子: BACPLE_01703 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5CYA6

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-6-O-sulfo-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 584.501 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4LGalp[6S]a1-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221h-1a_1-5_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1/a3-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][a-L-Galp6SO3]{[(4+1)][b-D-3-deoxy-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 512分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 8K, 0.1 M Hepes pH 7.5 and 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.8 Å / Num. obs: 85616 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.35
反射シェル	解像度: 1.8→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 15141 / CC_1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8EP4

8ep4

解像度: 1.8→44.8 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	4282	5 %
R_work	0.2271	-	-
obs	0.2285	85616	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6578	0	133	504	7215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.62
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.26	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1223

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3867	146	0.3424	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.3008	140	0.3076	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.3205	146	0.2727	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2926	140	0.2667	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.282	144	0.2635	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.3211	143	0.2563	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2718	140	0.256	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2812	146	0.2527	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2627	140	0.2341	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2916	144	0.2256	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2656	143	0.2402	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2717	143	0.2344	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2577	142	0.2318	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2924	143	0.2287	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.244	142	0.2289	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2765	146	0.2195	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2741	141	0.2259	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2727	141	0.2271	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.27	144	0.2297	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2702	142	0.2413	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.26	144	0.2302	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2686	139	0.2318	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.2461	143	0.2352	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.2395	144	0.2276	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.2384	141	0.2236	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.2563	144	0.2181	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.2293	143	0.2086	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.2247	143	0.2011	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.2428	142	0.2114	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-44.8	0.2429	143	0.2359	2709	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 512分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

-非ポリマー , 5種, 512分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 512分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)