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- PDB-7sno: Structure of Bacple_01701(H214N), a 6-O-galactose porphyran sulfatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sno
タイトルStructure of Bacple_01701(H214N), a 6-O-galactose porphyran sulfatase
要素Arylsulfatase
キーワードHYDROLASE / 6-O-galactose porphyran sulfatase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Arylsulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ulaganathan, T. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The porphyran degradation system of the human gut microbiota is complete, phylogenetically diverse and geographically structured across Asian populations
著者: Mathieu, S. / Touvrey, M. / Poulet, L. / Drouillard, S. / Ulaganathan, T.S. / Segurel, L. / Cygler, M. / Helbert, W.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylsulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,27611
ポリマ－62,6211
非ポリマー1,65510
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.720, 154.720, 45.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-859-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Arylsulfatase / 6-O-galactose porphyran sulfatase


分子量: 62621.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア)
遺伝子: BACPLE_01701
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B5CYA4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素
#2: 多糖 6-O-sulfo-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-6-O-sulfo-alpha-L- ...6-O-sulfo-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-6-O-sulfo-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 826.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LGalp[6S]a1-3DGalpb1-4LGalp[6S]a1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2112h-1b_1-5][a1221h-1a_1-5_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2/a3-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][a-L-Galp6SO3]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][a-L-Galp6SO3]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 237分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% PEG 400, 100mM Sodium Citrate pH 5.5, 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.24
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 57365 / CC1/2: 0.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SNJ

7snj


解像度: 2.1→44.66 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 1853 5 %
Rwork0.1812 --
obs0.183 37092 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4133 0 107 228 4468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0365860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.207620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.36721410.31632673X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.220.31921410.30592671X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.290.32551420.26352702X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.370.27131410.23882680X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.470.27551410.21652692X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.25441420.20772690X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.720.22441430.19562715X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.890.24751420.19472691X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.110.2321420.18032712X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.420.20841420.17152707X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.920.22611440.14832725X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.940.14261440.13262751X-RAY DIFFRACTION100
4.94-44.660.18231480.17062830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5781-0.28820.15421.3546-0.29161.0306-0.0447-0.0756-0.26420.0725-0.0104-0.16370.03020.12830.0580.2818-0.03-0.00690.25810.00510.458437.471641.394911.946
21.8543-2.5211-0.62294.3007-0.22422.4085-0.1293-0.1359-0.16930.7222-0.1027-0.0055-0.03580.19030.18840.4206-0.0737-0.1120.33550.03310.629146.036850.895725.6285
30.8087-1.52310.42144.35030.00911.12370.0478-0.1468-0.0160.0613-0.020.0454-0.10640.0587-0.03960.3629-0.101-0.01470.3210.02750.527642.132556.520113.3877
41.2712-0.2623-0.2310.82790.0470.4668-0.02850.04460.0230.0259-0.00630.0476-0.03090.02050.02080.273-0.0302-0.00730.2463-0.00140.410626.752144.64919.907
51.25840.03310.28110.67730.35912.4729-0.0529-0.0423-0.28270.0498-0.04240.21430.3009-0.06930.10660.3032-0.0450.06250.2446-0.00820.547916.715331.011618.2715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 181 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 433 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 434 through 542 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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