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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7snk | ||||||
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タイトル | Structure of Bacple_01702, a GH29 family glycoside hydrolase | ||||||
要素 | Alpha-L-fucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GH29 family / bacterial glycoside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ulaganathan, T. / Cygler, M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: The porphyran degradation system of the human gut microbiota is complete, phylogenetically diverse and geographically structured across Asian populations 著者: Mathieu, S. / Touvrey, M. / Poulet, L. / Drouillard, S. / Ulaganathan, T.S. / Segurel, L. / Cygler, M. / Helbert, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7snk.cif.gz | 293.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7snk.ent.gz | 194.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7snk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68040.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア) 遺伝子: BACPLE_01702 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5CYA5 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% Peg8K, 0.1M Potassium dihydrogen phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44.54 Å / Num. obs: 38905 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 30.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. unique obs: 5643 / CC1/2: 0.96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NI3 解像度: 2→44.54 Å / SU ML: 0.2207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0197 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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