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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8esh | |||||||||
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タイトル | Structure of chimeric HLA-A*02:01 bound to CMV peptide | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Florio, T.J. / Ani, O. / Young, M.C. / Mallik, L. / Sgourakis, N.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Decoupling peptide binding from T cell receptor recognition with engineered chimeric MHC-I molecules. 著者: Papadaki, G.F. / Ani, O. / Florio, T.J. / Young, M.C. / Danon, J.N. / Sun, Y. / Dersh, D. / Sgourakis, N.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8erxC ![]() 1q94S ![]() 1s9wS ![]() 2bnrS ![]() 4qrtS ![]() 5hhnS ![]() 5vgeS ![]() 6rpbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31651.775 Da / 分子数: 1 変異: F9D, A24S, G62R, E63N, K66I, V67F, A69T, H70N, H74D, V76E, D77S, T80N, V95L, R97S, H114N, Y116N, T142I, L156D 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1199.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % |
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結晶化![]() | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium Fluoride, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 8.5, 20-24% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.72→104.21 Å / Num. obs: 14511 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 65.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 24.9 / Num. measured all: 252693 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5HHN, 1S9W, 4QRT, 5VGE, 1Q94, 2BNR, 6RPB 解像度: 2.72→60.16 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.92 Å2 / Biso mean: 63.0298 Å2 / Biso min: 42.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.72→60.16 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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