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- PDB-8eqs: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like envi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eqs
タイトルStructure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
要素
  • Apolipoprotein A-I
  • ORF3a protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Membrane protein / SARS-CoV / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein 3a / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / positive regulation of hydrolase activity / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption ...Maturation of protein 3a / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / positive regulation of hydrolase activity / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport / cholesterol import / blood vessel endothelial cell migration / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein A-I receptor binding / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of cytokine production involved in immune response / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / negative regulation of cell adhesion molecule production / HDL assembly / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / peptidyl-methionine modification / phosphatidylcholine biosynthetic process / glucocorticoid metabolic process / acylglycerol homeostasis / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / positive regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Chylomicron assembly / : / high-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / phospholipid efflux / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid homeostasis / reverse cholesterol transport / chemorepellent activity / high-density lipoprotein particle assembly / lipid storage / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / endothelial cell proliferation / inorganic cation transmembrane transport / HDL remodeling / : / cholesterol efflux / voltage-gated calcium channel complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of interleukin-1 beta production / adrenal gland development / negative chemotaxis / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / positive regulation of Rho protein signal transduction / amyloid-beta formation / monoatomic ion channel activity / host cell Golgi membrane / endocytic vesicle / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Scavenging of heme from plasma / Retinoid metabolism and transport / positive regulation of phagocytosis / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of stress fiber assembly / Attachment and Entry / heat shock protein binding / voltage-gated potassium channel complex / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / endocytic vesicle lumen / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Heme signaling / PPARA activates gene expression / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Platelet degranulation / extracellular vesicle / amyloid-beta binding / cytoplasmic vesicle / : / secretory granule lumen / blood microparticle
類似検索 - 分子機能
Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Apolipoprotein A-I / ORF3a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Miller, A.N. / Houlihan, P.R. / Matamala, E. / Cabezas-Bratesco, D. / Lee, G.Y. / Cristofori-Armstrong, B. / Dilan, T.L. / Sanchez-Martinez, S. / Matthies, D. / Yan, R. ...Miller, A.N. / Houlihan, P.R. / Matamala, E. / Cabezas-Bratesco, D. / Lee, G.Y. / Cristofori-Armstrong, B. / Dilan, T.L. / Sanchez-Martinez, S. / Matthies, D. / Yan, R. / Yu, Z. / Ren, D. / Brauchi, S.E. / Clapham, D.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The SARS-CoV-2 accessory protein Orf3a is not an ion channel, but does interact with trafficking proteins.
著者: Alexandria N Miller / Patrick R Houlihan / Ella Matamala / Deny Cabezas-Bratesco / Gi Young Lee / Ben Cristofori-Armstrong / Tanya L Dilan / Silvia Sanchez-Martinez / Doreen Matthies / Rui ...著者: Alexandria N Miller / Patrick R Houlihan / Ella Matamala / Deny Cabezas-Bratesco / Gi Young Lee / Ben Cristofori-Armstrong / Tanya L Dilan / Silvia Sanchez-Martinez / Doreen Matthies / Rui Yan / Zhiheng Yu / Dejian Ren / Sebastian E Brauchi / David E Clapham /
要旨: The severe acute respiratory syndrome associated coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and SARS-CoV-1 accessory protein Orf3a colocalizes with markers of the plasma membrane, endocytic pathway, and Golgi ...The severe acute respiratory syndrome associated coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and SARS-CoV-1 accessory protein Orf3a colocalizes with markers of the plasma membrane, endocytic pathway, and Golgi apparatus. Some reports have led to annotation of both Orf3a proteins as viroporins. Here, we show that neither SARS-CoV-2 nor SARS-CoV-1 Orf3a form functional ion conducting pores and that the conductances measured are common contaminants in overexpression and with high levels of protein in reconstitution studies. Cryo-EM structures of both SARS-CoV-2 and SARS-CoV-1 Orf3a display a narrow constriction and the presence of a positively charged aqueous vestibule, which would not favor cation permeation. We observe enrichment of the late endosomal marker Rab7 upon SARS-CoV-2 Orf3a overexpression, and co-immunoprecipitation with VPS39. Interestingly, SARS-CoV-1 Orf3a does not cause the same cellular phenotype as SARS-CoV-2 Orf3a and does not interact with VPS39. To explain this difference, we find that a divergent, unstructured loop of SARS-CoV-2 Orf3a facilitates its binding with VPS39, a HOPS complex tethering protein involved in late endosome and autophagosome fusion with lysosomes. We suggest that the added loop enhances SARS-CoV-2 Orf3a's ability to co-opt host cellular trafficking mechanisms for viral exit or host immune evasion.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: The SARS-CoV-2 accessory protein Orf3a is not an ion channel, but does interact with trafficking proteins.
著者: Alexandria N Miller / Patrick R Houlihan / Ella Matamala / Deny Cabezas-Bratesco / Gi Young Lee / Ben Cristofori-Armstrong / Tanya L Dilan / Silvia Sanchez-Martinez / Doreen Matthies / Rui ...著者: Alexandria N Miller / Patrick R Houlihan / Ella Matamala / Deny Cabezas-Bratesco / Gi Young Lee / Ben Cristofori-Armstrong / Tanya L Dilan / Silvia Sanchez-Martinez / Doreen Matthies / Rui Yan / Zhiheng Yu / Dejian Ren / Sebastian E Brauchi / David E Clapham
要旨: The severe acute respiratory syndrome associated coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and SARS-CoV-1 accessory protein Orf3a colocalizes with markers of the plasma membrane, endocytic pathway, and Golgi ...The severe acute respiratory syndrome associated coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and SARS-CoV-1 accessory protein Orf3a colocalizes with markers of the plasma membrane, endocytic pathway, and Golgi apparatus. Some reports have led to annotation of both Orf3a proteins as a viroporin. Here we show that neither SARS-CoV-2 nor SARS-CoV-1 form functional ion conducting pores and that the conductances measured are common contaminants in overexpression and with high levels of protein in reconstitution studies. Cryo-EM structures of both SARS-CoV-2 and SARS-CoV-1 Orf3a display a narrow constriction and the presence of a basic aqueous vestibule, which would not favor cation permeation. We observe enrichment of the late endosomal marker Rab7 upon SARS-CoV-2 Orf3a overexpression, and co-immunoprecipitation with VPS39. Interestingly, SARS-CoV-1 Orf3a does not cause the same cellular phenotype as SARS-CoV-2 Orf3a and does not interact with VPS39. To explain this difference, we find that a divergent, unstructured loop of SARS-CoV-2 Orf3a facilitates its binding with VPS39, a HOPS complex tethering protein involved in late endosome and autophagosome fusion with lysosomes. We suggest that the added loop enhances SARS-CoV-2 Orf3a ability to co-opt host cellular trafficking mechanisms for viral exit or host immune evasion.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF3a protein
B: ORF3a protein
C: Apolipoprotein A-I
D: Apolipoprotein A-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4346
ポリマ－121,9464
非ポリマー1,4882
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ORF3a protein / Accessory protein 3a / Protein 3a / Protein U274 / Protein X1


分子量: 36268.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: 3a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59632
#2: タンパク質 Apolipoprotein A-I / Apo-AI / ApoA-I / Apolipoprotein A1 / MSP1D1 scaffold protein


分子量: 24704.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02647
#3: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13970
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.9粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
9cryoSPARC3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162607 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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