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万見
- PDB-8epv: 2.2 A crystal structure of the lipocalin cat allergen Fel d 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8epv
タイトル2.2 A crystal structure of the lipocalin cat allergen Fel d 7
要素Fel d 7 allergen
キーワードALLERGEN / Lipocalin / Fatty acid binding protein / Calyx
機能・相同性von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular region / metal ion binding / ACETATE ION / Fel d 7 allergen
機能・相同性情報
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Min, J. / Pedersen, L.C. / Geoffrey, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Front Allergy / 年: 2023
タイトル: Structural and ligand binding analysis of the pet allergens Can f 1 and Fel d 7.
著者: Min, J. / Foo, A.C.Y. / Gabel, S.A. / Perera, L. / DeRose, E.F. / Pomes, A. / Pedersen, L.C. / Mueller, G.A.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fel d 7 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2066
ポリマ－17,8881
非ポリマー3175
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.871, 85.871, 40.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

ZN

21A-315-

HOH

31A-328-

HOH

詳細The oligomeric state is unknown. Lipocalin proteins are often in a transient monomer to oligomer state.

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要素

#1: タンパク質 Fel d 7 allergen


分子量: 17888.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: LOC100533977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5D2Z5
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35 % MPD, 100 mM cacodylate pH 6.5, and 0.05 M Zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 8074 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 42.55 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Num. unique obs: 379 / CC1/2: 0.655

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 2.19→38.4 Å / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8261
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 402 5.02 %
Rwork0.2413 7605 -
obs0.2427 8007 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数991 0 11 31 1033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72241370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1103353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.510.34781300.24822442X-RAY DIFFRACTION97.35
2.51-3.160.27751320.27692505X-RAY DIFFRACTION99.4
3.16-38.40.2471400.22822658X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.3725814322.30921116441-1.450365342653.27548256319-1.520112184023.97619008709-0.102365787470.2197299436410.30844484370.353465493090.1506258587690.4505763535310.532211730995-0.2247915109750.02687739312610.4102847826120.0162323479212-0.01894778684870.176103221281-0.07459972621780.528426971199-5.76969171491-17.2860827668-1.61282831303
24.18144326271.83733111255-0.7044482463922.84319169383-1.251955926992.62412681187-0.452310629826-0.00492699268951-0.3168592466950.148257939984-0.109199898181-0.1323845940740.3766265730120.1846839806020.1988863325360.365685818995-0.104761406867-0.0650212692550.310601048815-0.01874393617710.611658565176-6.42737968511-23.1033222105-7.29617980586
33.66515523305-0.164650865456-2.990904071183.69541914253-1.303047019828.25988649060.2684508776670.665174979493-1.19034167466-0.2499520334980.20465095516-0.5493302615910.02144825666720.955134713640.5277884765310.415338800987-0.06259615240670.06378764547480.640277860709-0.1939779389140.616453689862-5.7777657927-26.9374359249-13.1152233116
42.191579965770.0102895019329-0.01058082299471.800780133080.7919430506322.637364859180.1083289851670.111298200939-0.9040326205890.521310326782-0.2920526106320.4271386463611.21442411874-0.429013838684-0.1691662302830.578364449298-0.361451871866-0.3284785272240.003116370853760.0992503740781.08327347126-6.72571785262-31.72162954025.61410758106
55.50117532975-0.3537634061352.079996459663.464829998641.329810394594.598504477250.150329746234-0.388850696113-0.2612604223970.4682833602740.05490624027440.241173705321-0.09225401560630.154260296319-0.08523305620980.280171091122-0.0405347415106-0.02627859508380.3520895560590.007227177280260.506951860514-1.77470004466-19.18780396555.85927388161
64.34049475147-2.726926323621.317906231936.364878094561.107650027343.416776043840.1662517737490.180553193009-0.7110404972090.4628921589120.147496151220.3135431871730.04532454243340.0329451254164-0.2224141988770.157460537064-0.0526534619526-0.0687252583120.240699785040.007582513270770.6263671798552.05450733429-23.76259639190.386559265493
73.5188603808-0.7577808479813.250205158332.5672525341.1004237234.85755608215-1.082819009430.2181887963530.801800032546-0.2046770112660.4565058019820.158809731669-0.4804813635010.5852547914850.3023640718790.383849083672-0.017909624932-0.08278666338190.1917127536770.08052571557660.563265224548-2.65557261396-8.1279906497-3.19307967291
85.27088614161-3.604317231892.995255873158.827898621380.09770292306045.36615189473-0.05056423755740.2726375029080.649492642141-0.0514641857011-0.253018932763-0.61600629816-0.5950355758250.620073676337-0.06223118424880.2321645540920.00876974865046-0.007441749353780.2413441278510.009773828864520.5645065223528.26515640569-14.46974245784.42850316246
94.05971639286-2.522885781461.872865857813.86916334745-1.594658768395.845897639750.1714817398241.50352180862-0.2768410471470.133453702059-0.2076083104090.0339450422545-0.4858575074561.24391608868-0.1090616025560.3516133029970.0476529066476-0.09682447696910.465830290278-0.07814707990030.5982621956735.8195656736-17.0784117269-8.34438377224
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 42 )27 - 421 - 16
22chain 'A' and (resid 43 through 75 )43 - 7517 - 45
33chain 'A' and (resid 76 through 86 )76 - 8646 - 56
44chain 'A' and (resid 87 through 101 )87 - 10157 - 71
55chain 'A' and (resid 102 through 113 )102 - 11372 - 83
66chain 'A' and (resid 114 through 135 )114 - 13584 - 101
77chain 'A' and (resid 136 through 141 )136 - 141102 - 107
88chain 'A' and (resid 142 through 155 )142 - 155108 - 121
99chain 'A' and (resid 156 through 170 )156 - 170122 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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