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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ep4 | ||||||
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タイトル | Structure of Bacple_01703 | ||||||
![]() | Glycosyl hydrolase family 16 | ||||||
![]() | HYDROLASE / BACPLE_01703 / glycoside hydrolase of GH16 family | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ulaganathan, T. / Cygler, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The porphyran degradation system of the human gut microbiota is complete, phylogenetically diverse and geographically structured across Asian populations 著者: Mathieu, S. / Touvrey, M. / Poulet, L. / Drouillard, S. / Ulaganathan, T.S. / Segurel, L. / Cygler, M. / Helbert, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 355.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 286.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 31752.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 17135 / JCM 12973 / M2 / 遺伝子: BACPLE_01703 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 764分子 ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16% Peg 8K, 0.1 M Hepes pH 7.5 and 0.2M Calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 68053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 10371 / CC1/2: 0.76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3JUU 解像度: 1.94→44.86 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→44.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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