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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eoz | ||||||
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タイトル | Precisely patterned nanofibers made from extendable protein multiplexes | ||||||
要素 | C3HR3_4r | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / de novo design / nanofibers | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bera, A.K. / Bethel, N.P. / Kang, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2023 タイトル: Precisely patterned nanofibres made from extendable protein multiplexes. 著者: Neville P Bethel / Andrew J Borst / Fabio Parmeggiani / Matthew J Bick / T J Brunette / Hannah Nguyen / Alex Kang / Asim K Bera / Lauren Carter / Marcos C Miranda / Ryan D Kibler / Mila Lamb ...著者: Neville P Bethel / Andrew J Borst / Fabio Parmeggiani / Matthew J Bick / T J Brunette / Hannah Nguyen / Alex Kang / Asim K Bera / Lauren Carter / Marcos C Miranda / Ryan D Kibler / Mila Lamb / Xinting Li / Banumathi Sankaran / David Baker / 要旨: Molecular systems with coincident cyclic and superhelical symmetry axes have considerable advantages for materials design as they can be readily lengthened or shortened by changing the length of the ...Molecular systems with coincident cyclic and superhelical symmetry axes have considerable advantages for materials design as they can be readily lengthened or shortened by changing the length of the constituent monomers. Among proteins, alpha-helical coiled coils have such symmetric, extendable architectures, but are limited by the relatively fixed geometry and flexibility of the helical protomers. Here we describe a systematic approach to generating modular and rigid repeat protein oligomers with coincident C to C and superhelical symmetry axes that can be readily extended by repeat propagation. From these building blocks, we demonstrate that a wide range of unbounded fibres can be systematically designed by introducing hydrophilic surface patches that force staggering of the monomers; the geometry of such fibres can be precisely tuned by varying the number of repeat units in the monomer and the placement of the hydrophilic patches. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eoz.cif.gz | 123.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eoz.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eoz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eoz_validation.pdf.gz | 417.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eoz_full_validation.pdf.gz | 419.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8eoz_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eoz_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eoz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28256.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0 15% (w/v) MPD; 5% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→46.35 Å / Num. obs: 4528 / % possible obs: 93.49 % / 冗長度: 1.3 % / Biso Wilson estimate: 31.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.95 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / Num. unique obs: 328 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Designed Model 解像度: 3→46.35 Å / SU ML: 0.412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 29.9348 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.6259663416 Å / Origin y: -9.17202855309 Å / Origin z: -0.954964063269 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |