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- PDB-8eo6: Crystal structure of metagenomic class A beta-lactamase precursor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eo6
タイトルCrystal structure of metagenomic class A beta-lactamase precursor LRA-5 in complex with ceftazidime at 2.35 Angstrom resolution
要素LRA-5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase precursor / environmental resistome / soil metagenome / ceftazidime / oxyimino-cephalosporin
機能・相同性Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / beta-lactam antibiotic catabolic process / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / response to antibiotic / ACYLATED CEFTAZIDIME / LRA-5
機能・相同性情報
生物種uncultured soil bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Power, P. / D'Amico Gonzalez, G. / Centron, D. / Gutkind, G. / Handelsman, J. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
National Scientific and Technical Research Council (CONICET)11220200100191CO アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT-2018 01550 アルゼンチン
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Playing beta-Lactamase Evolution: Metagenomic Class A beta-Lactamase LRA-5 is an Inactive Enzyme Capable of Rendering an Active beta-Lactamase by Introduction of Y69Q and V166E Substitutions
著者: D'Amico Gonzalez, G. / Handelsman, J. / Centron, D. / Gutkind, G. / Klinke, S. / Power, P.
履歴
登録2022年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LRA-5
B: LRA-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8944
ポリマ－61,9552
非ポリマー9392
水75742
1
A: LRA-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4472
ポリマ－30,9771
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LRA-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4472
ポリマ－30,9771
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.080, 162.110, 70.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 LRA-5


分子量: 30977.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured soil bacterium (環境試料)
遺伝子: blaLRA-5, AKSOIL_0013 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5L5W7
#2: 化合物 ChemComp-CAZ / ACYLATED CEFTAZIDIME


分子量: 469.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: long bars
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: 1.6 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980112 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
詳細: convex prefocusing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focusing mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→43.66 Å / Num. obs: 36200 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.283 / Net I/σ(I): 11.78
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 12.72 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 5654 / CC1/2: 0.495 / Rrim(I) all: 2.33 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+25 / 解像度: 2.35→43.66 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1806 5 %
Rwork0.1958 --
obs0.1968 36122 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4016 0 62 42 4120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.217586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.35141340.32212566X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.480.31821370.28382603X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.560.25951380.24912609X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.650.29521360.23892595X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.760.27281370.23162600X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.890.27421370.23922610X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.040.27611380.23372619X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.230.21361380.21162623X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.480.22381400.1952644X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.830.21721390.17842644X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.380.17321410.14822678X-RAY DIFFRACTION100
4.38-5.520.16021410.15852695X-RAY DIFFRACTION100
5.52-43.660.17961500.17972830X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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