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- PDB-8enw: Crystal structure of beta'-COPI-WD40 domain in complex with SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8enw
タイトルCrystal structure of beta'-COPI-WD40 domain in complex with SARS-CoV-2 clientized spike tail heptapeptide.
要素
  • Clientized spike tail peptide
  • Coatomer subunit beta'コートマー
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPI (COPI) / protein trafficking / SARS-CoV-2 spike / dibasic motif
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ゴルジ体 / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / Coatomer WD associated region / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dey, D. / Hasan, S.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA134274 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM150187 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A single C-terminal residue controls SARS-CoV-2 spike trafficking and incorporation into VLPs.
著者: Dey, D. / Qing, E. / He, Y. / Chen, Y. / Jennings, B. / Cohn, W. / Singh, S. / Gakhar, L. / Schnicker, N.J. / Pierce, B.G. / Whitelegge, J.P. / Doray, B. / Orban, J. / Gallagher, T. / Hasan, S.S.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: Coatomer subunit beta'
C: Clientized spike tail peptide
D: Clientized spike tail peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,13815
ポリマ－70,4554
非ポリマー68311
水9,548530
1
A: Coatomer subunit beta'
C: Clientized spike tail peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,72410
ポリマ－35,2282
非ポリマー4978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
2
B: Coatomer subunit beta'
D: Clientized spike tail peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4145
ポリマ－35,2282
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.711, 46.012, 84.319
Angle α, β, γ (deg.)81.240, 81.520, 69.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta' / コートマー


分子量: 34380.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2WDW6
#2: タンパク質・ペプチド Clientized spike tail peptide


分子量: 846.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: F0-Fc electron density of Glycine is not detected.
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 15% PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→82.91 Å / Num. obs: 100965 / % possible obs: 96.55 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.25 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 4966 / CC1/2: 0.62 / Rsym value: 0.884 / % possible all: 94.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J79

4j79


解像度: 1.45→42.71 Å / SU ML: 0.1339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.3177
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1796 5049 5 %
Rwork0.1533 95889 -
obs0.1546 100938 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4972 0 44 530 5546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00535145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94586987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5541680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.29811750.25583109X-RAY DIFFRACTION94.8
1.47-1.480.27811780.25683190X-RAY DIFFRACTION94.87
1.48-1.50.25111420.24283106X-RAY DIFFRACTION94.69
1.5-1.520.28521770.23563210X-RAY DIFFRACTION95.57
1.52-1.540.24971820.23093082X-RAY DIFFRACTION94.8
1.54-1.560.25771550.21673150X-RAY DIFFRACTION95.35
1.56-1.580.23521720.21443202X-RAY DIFFRACTION95.18
1.58-1.610.21181500.19893115X-RAY DIFFRACTION95.89
1.61-1.630.21651690.19553204X-RAY DIFFRACTION95.74
1.63-1.660.19271610.18443195X-RAY DIFFRACTION95.78
1.66-1.690.2231720.18433146X-RAY DIFFRACTION95.87
1.69-1.720.22811740.18633164X-RAY DIFFRACTION96.17
1.72-1.750.21511620.18813178X-RAY DIFFRACTION96.12
1.75-1.790.23321640.17923233X-RAY DIFFRACTION96.31
1.79-1.830.20321670.15913172X-RAY DIFFRACTION96.61
1.83-1.870.17641590.14593230X-RAY DIFFRACTION96.64
1.87-1.920.16041660.14233211X-RAY DIFFRACTION96.49
1.92-1.970.16631830.13353138X-RAY DIFFRACTION96.65
1.97-2.030.17681440.13223279X-RAY DIFFRACTION97.3
2.03-2.090.17831670.12963244X-RAY DIFFRACTION97.37
2.09-2.170.17371710.13423200X-RAY DIFFRACTION97.29
2.17-2.250.17561760.14043210X-RAY DIFFRACTION97.64
2.25-2.360.16621730.13613231X-RAY DIFFRACTION97.56
2.36-2.480.15121790.13813212X-RAY DIFFRACTION97.72
2.48-2.630.15281700.13553267X-RAY DIFFRACTION97.86
2.63-2.840.15731520.13493240X-RAY DIFFRACTION97.84
2.84-3.120.1751700.1393201X-RAY DIFFRACTION96.92
3.12-3.580.14951980.13513235X-RAY DIFFRACTION97.75
3.58-4.50.14951580.1333248X-RAY DIFFRACTION98.67
4.51-42.710.19091830.17393287X-RAY DIFFRACTION99.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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