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- PDB-8ens: Crystal structure of beta'-COPI-WD40 domain in complex with SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ens
タイトルCrystal structure of beta'-COPI-WD40 domain in complex with SARS-CoV-2 spike tail hepta-peptide
要素
  • Coatomer subunit beta'
  • spike tail hepta-peptide
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPI / protein trafficking / SARS-CoV-2 spike / dibasic motif
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dey, D. / Hasan, S.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA134274 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM150187 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A single C-terminal residue controls SARS-CoV-2 spike trafficking and incorporation into VLPs.
著者: Dey, D. / Qing, E. / He, Y. / Chen, Y. / Jennings, B. / Cohn, W. / Singh, S. / Gakhar, L. / Schnicker, N.J. / Pierce, B.G. / Whitelegge, J.P. / Doray, B. / Orban, J. / Gallagher, T. / Hasan, S.S.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
C: spike tail hepta-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2002
ポリマ－35,2002
非ポリマー00
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.966, 51.359, 85.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

21A-554-

HOH

31A-800-

HOH

41A-804-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta'


分子量: 34380.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2WDW6
#2: タンパク質・ペプチド spike tail hepta-peptide


分子量: 818.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fo-Fc electron density of Glycine not detected.
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.2, 19% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月30日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.06 Å / Num. obs: 56398 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.39 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2705 / CC1/2: 0.84 / Rsym value: 0.671 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J79

4j79


解像度: 1.45→28.06 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 --
Rwork0.1509 53570 -
obs-56384 98.39 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 0 469 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00842554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08583481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0893384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5108335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.24011520.22542584X-RAY DIFFRACTION97.06
1.47-1.50.23071320.21562686X-RAY DIFFRACTION99.72
1.5-1.530.19631550.20232621X-RAY DIFFRACTION99.78
1.53-1.560.22311440.18862698X-RAY DIFFRACTION99.58
1.56-1.60.23741330.18842628X-RAY DIFFRACTION99.82
1.6-1.630.1941420.17372683X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.19191570.16562653X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.720.19111530.16522657X-RAY DIFFRACTION99.96
1.72-1.770.21460.15862639X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.830.18231350.15712710X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.17451300.15152685X-RAY DIFFRACTION99.93
1.89-1.970.18811370.15012659X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.060.16471470.14152698X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.160.14541440.14572651X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.30.17071190.14182714X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.480.20061500.14522666X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.730.19471270.14682707X-RAY DIFFRACTION99.96
2.73-3.120.1681270.14852732X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.930.1571420.13282718X-RAY DIFFRACTION100
3.93-28.060.12921420.1442781X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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