PDB-8emz: Structure of GII.17 norovirus in complex with Nanobody 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8emz

タイトル

Structure of GII.17 norovirus in complex with Nanobody 2

要素

GII.17 P domain
Nanobody 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / norovirus / Nanobody / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus (ウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kher, G. / Sabin, C. / Pancera, M. / Koromyslova, A. / Hansman, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Direct Blockade of the Norovirus Histo-Blood Group Antigen Binding Pocket by Nanobodies.
著者: Kher, G. / Sabin, C. / Lun, J.H. / Devant, J.M. / Ruoff, K. / Koromyslova, A.D. / von Itzstein, M. / Pancera, M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2022年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8emz.cif.gz	108.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8emz.ent.gz	81.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8emz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8emz_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8emz_full_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示
XML形式データ	8emz_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	8emz_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8emyC 8en0C 8en1C 8en2C 8en3C 8en4C 8en5C 8en6C 5f4oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GII.17 P domain

B: Nanobody 2

ヘテロ分子

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.961, 90.545, 59.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-762- HOH

#1: タンパク質	GII.17 P domain 分子量: 34041.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S1Z370
#2: 抗体	Nanobody 2 分子量: 14128.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bicine [pH 9] and 30% [w/v] PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→117.53 Å / Num. obs: 85355 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.009 % / B_iso Wilson estimate: 20.02 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.97→4.19 Å / 冗長度: 7.015 % / Num. unique obs: 2485 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5f4o

5f4o

解像度: 1.4→48.85 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	1999	2.34 %
R_work	0.1953	83328	-
obs	0.1959	85327	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.42 Å² / B_iso mean: 28.5252 Å² / B_iso min: 12.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→48.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3400	0	136	286	3822
B_iso mean	-	-	42.75	32.99	-
残基数	-	-	-	-	433

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.44	0.352	140	0.303	5841	5981	98
1.44-1.47	0.2733	142	0.2807	5919	6061	98
1.47-1.52	0.3131	140	0.2706	5888	6028	98
1.52-1.57	0.2983	143	0.2569	5900	6043	98
1.57-1.62	0.305	141	0.2524	5900	6041	98
1.62-1.69	0.2798	143	0.2382	5952	6095	99
1.69-1.76	0.2463	143	0.2249	5975	6118	99
1.76-1.86	0.2304	144	0.2176	6005	6149	99
1.86-1.97	0.2325	143	0.2125	5928	6071	99
1.97-2.13	0.2344	142	0.2017	5949	6091	99
2.13-2.34	0.2474	143	0.2014	5955	6098	99
2.34-2.68	0.2158	145	0.2035	6039	6184	100
2.68-3.37	0.2064	144	0.1882	6026	6170	100
3.38-48.85	0.1809	146	0.1566	6051	6197	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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