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- PDB-8en5: Structure of GII.4 norovirus in complex with Nanobody 56 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8en5
タイトルStructure of GII.4 norovirus in complex with Nanobody 56
要素
  • GII.4 P domain
  • Nanobody 56
キーワードVIRAL PROTEIN / norovirus / Nanobody
機能・相同性Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / virion component / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / VP1
機能・相同性情報
生物種Norovirus (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kher, G. / Sabin, C. / Pancera, M. / Koromyslova, A. / Hansman, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Direct Blockade of the Norovirus Histo-Blood Group Antigen Binding Pocket by Nanobodies.
著者: Kher, G. / Sabin, C. / Lun, J.H. / Devant, J.M. / Ruoff, K. / Koromyslova, A.D. / von Itzstein, M. / Pancera, M. / Hansman, G.S.
履歴
登録2022年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GII.4 P domain
B: GII.4 P domain
E: Nanobody 56
F: Nanobody 56
C: GII.4 P domain
D: GII.4 P domain
G: Nanobody 56
H: Nanobody 56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,95945
ポリマ－198,5298
非ポリマー2,43037
水23,7261317
1
A: GII.4 P domain
B: GII.4 P domain
E: Nanobody 56
F: Nanobody 56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,01230
ポリマ－99,2654
非ポリマー1,74726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14110 Å2
ΔGint54 kcal/mol
Surface area31770 Å2
手法PISA
2
C: GII.4 P domain
D: GII.4 P domain
G: Nanobody 56
H: Nanobody 56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,94715
ポリマ－99,2654
非ポリマー68311
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.244, 235.384, 70.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GII.4 P domain


分子量: 35103.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4LM89
#2: 抗体
Nanobody 56


分子量: 14529.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: (10% [w/v] PEG8000 and 0.1 M MES [pH 6.0])

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97658 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→68.38 Å / Num. obs: 480738 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.633.50.41242518121500.8320.2550.4862.596.9
8.76-235.383.70.037570515450.9820.0230.04326.897.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4oos

4oos


解像度: 1.6→68.38 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 23818 4.95 %
Rwork0.1859 456920 -
obs0.1875 480738 95.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.65 Å2 / Biso mean: 28.883 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→68.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13529 0 192 1317 15038
Biso mean--35.68 34.23 -
残基数----1736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.620.3097820.2775150741585694
1.62-1.640.31138160.2695150071582394
1.64-1.660.29647800.2568151581593894
1.66-1.680.27397950.2482150031579895
1.68-1.70.29097350.2407151531588895
1.7-1.720.25788760.2388150341591095
1.72-1.750.27188200.2346151431596395
1.75-1.770.25487690.2267146391540892
1.77-1.80.26567890.2274148571564692
1.8-1.830.25177450.224151431588895
1.83-1.860.25987540.2275153301608496
1.86-1.90.25248090.2181152681607796
1.9-1.930.24677420.2098154101615296
1.93-1.970.24137700.2059153131608396
1.97-2.020.23127980.2029152941609296
2.02-2.060.25567860.1977152021598896
2.06-2.110.22728140.1987150091582394
2.11-2.170.24578230.202147101553392
2.17-2.240.2388370.1883153451618297
2.24-2.310.21478010.1897154631626497
2.31-2.390.22927590.192154241618396
2.39-2.490.23528470.1954153481619597
2.49-2.60.23248330.1957156851651898
2.6-2.740.22567690.1877151291589895
2.74-2.910.23357720.192153131608596
2.91-3.130.24817800.1842156571643798
3.13-3.450.1977960.1809157131650998
3.45-3.950.18888360.1707153191615596
3.95-4.970.17057910.1385154701626197
4.97-68.380.17767940.1539153071610196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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