+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8emy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of GII.4 norovirus in complex with Nanobody 82 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / norovirus / Nanobody / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / VP1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Norovirus (ウイルス) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kher, G. / Sabin, C. / Pancera, M. / Koromyslova, A. / Hansman, G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023 タイトル: Direct Blockade of the Norovirus Histo-Blood Group Antigen Binding Pocket by Nanobodies. 著者: Kher, G. / Sabin, C. / Lun, J.H. / Devant, J.M. / Ruoff, K. / Koromyslova, A.D. / von Itzstein, M. / Pancera, M. / Hansman, G.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8emy.cif.gz | 547.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8emy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8emy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emy | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8emzC 8en0C 8en1C 8en2C 8en3C 8en4C 8en5C 8en6C 4oosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34074.988 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4LM89 #2: 抗体 | 分子量: 13355.741 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% [w/v] PEG 6000 and 0.1M HEPES [pH 7.0] |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→117.53 Å / Num. obs: 380256 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 1649444 / Scaling rejects: 38616 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4oos 解像度: 1.7→61.39 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.85 Å2 / Biso mean: 26.3757 Å2 / Biso min: 12.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→61.39 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
|