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万見
- PDB-8eld: Bacteriophage HRP29 Icosohedral Reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eld
タイトルBacteriophage HRP29 Icosohedral Reconstruction
要素
  • Gp37
  • Gp47
  • Gp48
キーワードVIRUS / HRP29
機能・相同性Uncharacterized protein / Putative capsid protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Shigella phage Buco (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Subramanian, S. / Bergland Drarvik, S.M. / Parent, K.N.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110185 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140803 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1750125 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Shigella bacteriophage HRP29
著者: Subramanian, S. / Bergland Drarvik, S.M. / Parent, K.N.
履歴
登録2022年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gp37
B: Gp37
C: Gp37
D: Gp37
E: Gp37
F: Gp37
G: Gp37
M: Gp47
L: Gp47
H: Gp48
I: Gp48
J: Gp48
K: Gp48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,12013
ポリマ－310,12013
非ポリマー00
水00
1
A: Gp37
B: Gp37
C: Gp37
D: Gp37
E: Gp37
F: Gp37
G: Gp37
M: Gp47
L: Gp47
H: Gp48
I: Gp48
J: Gp48
K: Gp48
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,607,208780
ポリマ－18,607,208780
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Gp37
B: Gp37
C: Gp37
D: Gp37
E: Gp37
F: Gp37
G: Gp37
M: Gp47
L: Gp47
H: Gp48
I: Gp48
J: Gp48
K: Gp48
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.55 MDa, 65 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,550,60165
ポリマ－1,550,60165
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Gp37
B: Gp37
C: Gp37
D: Gp37
E: Gp37
F: Gp37
G: Gp37
M: Gp47
L: Gp47
H: Gp48
I: Gp48
J: Gp48
K: Gp48
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.86 MDa, 78 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,860,72178
ポリマ－1,860,72178
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Gp37


分子量: 36911.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shigella phage Buco (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482JKU4
#2: タンパク質 Gp47


分子量: 13021.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shigella phage Buco (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482JKV2
#3: タンパク質
Gp48


分子量: 6424.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shigella phage Buco (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482JG80

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Shigella phage HRP29 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Shigella phage Buco (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Shigella flexneri Y
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane1
210 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFINDCTF補正
10RELION3.1.1初期オイラー角割当
11RELION3.1.1最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38666 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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