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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ela | ||||||
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タイトル | CTX-M-14 beta-lactamase mutant - N132A w MES | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase antibiotic beta-lactam | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, S. / Palzkill, T. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance. 著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ela.cif.gz | 127 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ela.ent.gz | 95.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ela.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ela_validation.pdf.gz | 958.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ela_full_validation.pdf.gz | 962.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ela_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ela_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/8ela ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/8ela | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 27957.520 Da / 分子数: 2 / 変異: N132A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5C7, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 635分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.01 M Zinc chloride, 0.1 M MES, PEG 6,000 (20% w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 69335 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 12.62 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 10897 / CC1/2: 0.916 / Rpim(I) all: 0.06 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YLT 解像度: 1.5→29.66 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.57 Å2 / Biso mean: 15.8836 Å2 / Biso min: 7.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→29.66 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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