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- PDB-8ekx: Structure of MBP-Mcl-1 in complex with MIK665 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ekx
タイトルStructure of MBP-Mcl-1 in complex with MIK665
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / MBP-Mcl-1 fusion protein / MIK665
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / release of cytochrome c from mitochondria / cell chemotaxis / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / outer membrane-bounded periplasmic space / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-OK5 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Judge, R.A. / Judd, A.S. / Souers, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Commun Med (Lond) / 年: 2023
タイトル: Selective MCL-1 inhibitor ABBV-467 is efficacious in tumor models but is associated with cardiac troponin increases in patients.
著者: Yuda, J. / Will, C. / Phillips, D.C. / Abraham, L. / Alvey, C. / Avigdor, A. / Buck, W. / Besenhofer, L. / Boghaert, E. / Cheng, D. / Cojocari, D. / Doyle, K. / Hansen, T.M. / Huang, K. / ...著者: Yuda, J. / Will, C. / Phillips, D.C. / Abraham, L. / Alvey, C. / Avigdor, A. / Buck, W. / Besenhofer, L. / Boghaert, E. / Cheng, D. / Cojocari, D. / Doyle, K. / Hansen, T.M. / Huang, K. / Johnson, E.F. / Judd, A.S. / Judge, R.A. / Kalvass, J.C. / Kunzer, A. / Lam, L.T. / Li, R. / Martin, R.L. / Mastracchio, A. / Mitten, M. / Petrich, A. / Wang, J. / Ward, J.E. / Zhang, H. / Wang, X. / Wolff, J.E. / Bell-McGuinn, K.M. / Souers, A.J.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3553
ポリマ－59,1371
非ポリマー1,2182
水9,908550
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.362, 136.889, 38.609
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1


分子量: 59136.883 Da / 分子数: 1 / 変異: K194A,K197A,R201A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -T1R / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-OK5 / (2~{R})-2-[5-[3-chloranyl-2-methyl-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]phenyl]-6-(4-fluorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]oxy-3-[2-[[2-(2-methoxyphenyl)pyrimidin-4-yl]methoxy]phenyl]propanoic acid


分子量: 875.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H44ClFN6O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% (w/v) PEG 3350, 0.1 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→68.445 Å / Num. obs: 75758 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.577 Å / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3618 / CC1/2: 0.828 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.1.7data processing
MOLREP11.9.02位相決定
BUSTER2.11.7精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WMS

4wms


解像度: 1.55→68.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 3796 -RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1872 75758 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9204 Å20 Å20 Å2
2--2.675 Å20 Å2
3----1.7546 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→68.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4020 0 85 550 4655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.875702HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1457SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes757HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4203HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion546SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4405SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.52
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 83 -
Rwork0.2378 --
obs0.2368 1516 94.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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