PDB-8ekf: X-ray crystal structure of 311R Fab in complex with the PfCSP pep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ekf

タイトル

X-ray crystal structure of 311R Fab in complex with the PfCSP peptide NPNA-3

要素

311R Heavy Chain
311R Light Chain
PfCSP peptide NPNA-3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Antigen / Malaria

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Moskovitz, R. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Affinity-matured homotypic interactions induce spectrum of PfCSP structures that influence protection from malaria infection.
著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / ...
要旨: The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an ...

履歴

登録	2022年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ekf.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ekf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ekf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ekf_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ekf_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	8ekf_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	8ekf_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/8ekf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/8ekf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	27781C 27784C 27785C 27786C 27787C 27788C 27789C 8dytC 8dywC 8dyxC 8dyyC 8dz3C 8dz4C 8dz5C 6axkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: 311R Heavy Chain

LLL: 311R Light Chain

CCC: PfCSP peptide NPNA-3

48 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.412, 70.765, 170.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	311R Heavy Chain 分子量: 23927.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	311R Light Chain 分子量: 22839.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	PfCSP peptide NPNA-3 分子量: 1207.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.04 M KH2PO4, 20% Glycerol, and 16% PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.27 Å / Num. obs: 44216 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.3 % / Num. unique obs: 4800 / CC_1/2: 0.96 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データ削減
pointless		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AXK

6axk

解像度: 1.9→44.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.092 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	2192	4.971 %
R_work	0.1839	41903	-
all	0.186	-	-
obs	-	44095	99.726 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.472 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.678 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3323	0	0	174	3497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.643	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.408	1.574	7191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.586	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.624	23.06	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.817	15	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.382	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.584	3.793	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.569	3.791	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.818	5.661	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.821	5.662	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.276	4.081	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.275	4.082	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.213	5.933	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.212	5.935	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.86	44.069	3585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.828	43.92	3561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.306	144	0.293	2979	X-RAY DIFFRACTION	97.8077
1.949-2.003	0.261	158	0.247	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.9364
2.003-2.061	0.261	166	0.228	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.8698
2.061-2.124	0.238	161	0.201	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.898
2.124-2.194	0.236	144	0.193	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.8959
2.194-2.271	0.229	138	0.191	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.9291
2.271-2.356	0.296	118	0.192	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.8125
2.356-2.452	0.223	120	0.193	2482	X-RAY DIFFRACTION	99.8082
2.452-2.561	0.236	124	0.188	2378	X-RAY DIFFRACTION	99.8802
2.561-2.686	0.218	127	0.172	2257	X-RAY DIFFRACTION	99.8743
2.686-2.831	0.229	117	0.175	2174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-3.003	0.201	105	0.171	2052	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
3.003-3.21	0.247	114	0.182	1930	X-RAY DIFFRACTION	99.9511
3.21-3.467	0.204	88	0.168	1804	X-RAY DIFFRACTION	99.5789
3.467-3.797	0.174	87	0.174	1682	X-RAY DIFFRACTION	99.8307
3.797-4.244	0.225	90	0.174	1508	X-RAY DIFFRACTION	99.9375
4.244-4.899	0.212	68	0.165	1363	X-RAY DIFFRACTION	99.9302
4.899-5.995	0.237	50	0.189	1179	X-RAY DIFFRACTION	99.9187
5.995-8.457	0.169	39	0.189	937	X-RAY DIFFRACTION	99.7955

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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