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万見
- EMDB-27788: Cryo-EM structure of 356 Fab in complex with recombinant shortene... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27788
タイトルCryo-EM structure of 356 Fab in complex with recombinant shortened Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (rsCSP)
マップデータCryo-EM structure of 356 Fab in complex with recombinant shortened Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (rsCSP)
試料
  • 複合体: 356 Fab - rsCSP complex
    • 複合体: Circumsporozoite protein
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein
    • 複合体: 356 Fab light chain, 356 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 356 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 356 Fab heavy chain
キーワードmalaria antibody / PfCSP / IMMUNE SYSTEM
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Martin GM / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Affinity-matured homotypic interactions induce spectrum of PfCSP structures that influence protection from malaria infection.
著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / ...著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / Gonzalo Gonzalez-Paez / Daniel Emerling / Randall S MacGill / Emily Locke / C Richter King / Fidel Zavala / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an ...The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an effective malaria vaccine. Here we present an in-depth structural and functional analysis of a panel of potent antibodies encoded by the immunoglobulin heavy chain variable (IGHV) gene IGHV3-33, which is among the most prevalent and potent antibody families induced in the anti-PfCSP immune response and targets the Asn-Ala-Asn-Pro (NANP) repeat region. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveals a remarkable spectrum of helical antibody-PfCSP structures stabilized by homotypic interactions between tightly packed fragments antigen binding (Fabs), many of which correlate with somatic hypermutation. We demonstrate a key role of these mutated homotypic contacts for high avidity binding to PfCSP and in protection from Pf malaria infection. Together, these data emphasize the importance of anti-homotypic affinity maturation in the frequent selection of IGHV3-33 antibodies and highlight key features underlying the potent protection of this antibody family.
履歴
登録2022年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of 356 Fab in complex with recombinant shortened Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (rsCSP)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 220 pix.
= 253. Å		1.15 Å/pix.
x 220 pix.
= 253. Å		1.15 Å/pix.
x 220 pix.
= 253. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.4
最小 - 最大-2.1701357 - 4.2763424
平均 (標準偏差)-0.010843641 (±0.15599512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 253.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of 356 Fab in complex with...

ファイルemd_27788_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of 356 Fab in complex with recombinant shortened Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (rsCSP)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of 356 Fab in complex with...

ファイルemd_27788_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of 356 Fab in complex with recombinant shortened Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (rsCSP)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 356 Fab - rsCSP complex

全体名称: 356 Fab - rsCSP complex
要素
  • 複合体: 356 Fab - rsCSP complex
    • 複合体: Circumsporozoite protein
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein
    • 複合体: 356 Fab light chain, 356 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 356 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 356 Fab heavy chain

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超分子 #1: 356 Fab - rsCSP complex

超分子名称: 356 Fab - rsCSP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Circumsporozoite protein

超分子名称: Circumsporozoite protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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超分子 #3: 356 Fab light chain, 356 Fab heavy chain

超分子名称: 356 Fab light chain, 356 Fab heavy chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Circumsporozoite protein

分子名称: Circumsporozoite protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 30.232156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: YGSSSNTRVL NELNYDNAGT NLYNELEMNY YGKQENWYSL KKNSRSLGEN DDGNNEDNEK LRKPKHKKLK QPADGNPDPN ANPNVDPNA NPNVDPNANP NVDPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP N ANPNANPN ...文字列:
YGSSSNTRVL NELNYDNAGT NLYNELEMNY YGKQENWYSL KKNSRSLGEN DDGNNEDNEK LRKPKHKKLK QPADGNPDPN ANPNVDPNA NPNVDPNANP NVDPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP N ANPNANPN KNNQGNGQGH NMPNDPNRNV DENANANSAV KNNNNEEPSD KHIKEYLNKI QNSLSTEWSP CSVTCGNGIQ VR IKPGSAN KPKDELDYAN DIEKKICKME KCSSVFNVVN S

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分子 #2: 356 Fab light chain

分子名称: 356 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.165775 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QIVMTQSPAT VSVSPGERAT LSCRASRSVT SKLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYFCQ QYNNGFTFGP GTKVDFKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QIVMTQSPAT VSVSPGERAT LSCRASRSVT SKLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYFCQ QYNNGFTFGP GTKVDFKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: 356 Fab heavy chain

分子名称: 356 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.675572 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFR NFGMHWVRQT PGKGLEWVAV IWHDGSNKFY ADSVEGRFTI SRDNSKNMIY LQMNSLRVE DTAIYYCARD SLFYDHDNSG YYGYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFR NFGMHWVRQT PGKGLEWVAV IWHDGSNKFY ADSVEGRFTI SRDNSKNMIY LQMNSLRVE DTAIYYCARD SLFYDHDNSG YYGYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 189641
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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