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- PDB-8eil: C-Terminal Domain of BrxL from Acinetobacter BREX type I phage re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eil
タイトルC-Terminal Domain of BrxL from Acinetobacter BREX type I phage restriction system
要素Protease Lon-related BREX system protein BrxL
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helicase / phage restriction / LonP/RadA homolog / BREX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lon-like protease BrxL / Lon-like protease BrxL-like / BREX system Lon protease-like BrxL, N-terminal / Lon-like protease BrxL-like, ATPase domain / BREX system Lon protease-like protein BrxL N-terminal / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / SUCCINIC ACID / Protease Lon-related BREX system protein BrxL
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Doyle, L.A. / Stoddard, B.L. / Kaiser, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM140375-01A1 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structure, substrate binding and activity of a unique AAA+ protein: the BrxL phage restriction factor.
著者: Betty W Shen / Lindsey A Doyle / Rachel Werther / Abigail A Westburg / Daniel P Bies / Stephanie I Walter / Yvette A Luyten / Richard D Morgan / Barry L Stoddard / Brett K Kaiser /
要旨: Bacteriophage exclusion ('BREX') systems are multi-protein complexes encoded by a variety of bacteria and archaea that restrict phage by an unknown mechanism. One BREX factor, termed BrxL, has been ...Bacteriophage exclusion ('BREX') systems are multi-protein complexes encoded by a variety of bacteria and archaea that restrict phage by an unknown mechanism. One BREX factor, termed BrxL, has been noted to display sequence similarity to various AAA+ protein factors including Lon protease. In this study we describe multiple CryoEM structures of BrxL that demonstrate it to be a chambered, ATP-dependent DNA binding protein. The largest BrxL assemblage corresponds to a dimer of heptamers in the absence of bound DNA, versus a dimer of hexamers when DNA is bound in its central pore. The protein displays DNA-dependent ATPase activity, and ATP binding promotes assembly of the complex on DNA. Point mutations within several regions of the protein-DNA complex alter one or more in vitro behaviors and activities, including ATPase activity and ATP-dependent association with DNA. However, only the disruption of the ATPase active site fully eliminates phage restriction, indicating that other mutations can still complement BrxL function within the context of an otherwise intact BREX system. BrxL displays significant structural homology to MCM subunits (the replicative helicase in archaea and eukaryotes), implying that it and other BREX factors may collaborate to disrupt initiation of phage DNA replication.
履歴
登録2022年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
B: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
C: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
D: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9407
ポリマ－78,6144
非ポリマー3263
水2,162120
1
A: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7582
ポリマ－19,6541
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7582
ポリマ－19,6541
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protease Lon-related BREX system protein BrxL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6541
ポリマ－19,6541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7722
ポリマ－19,6541
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.344, 213.344, 213.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-820-

HOH

21B-818-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...
21(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...
31(chain C and ((resid -1 and (name N or name...
41(chain D and ((resid -1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...A-1 - 0
121(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...A1
131(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...A-1 - 182
141(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...A-1 - 182
151(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...A-1 - 182
161(chain A and (resid -1 through 0 or (resid 1...A-1 - 182
211(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 11
221(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B12 - 13
231(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
241(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
251(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
261(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
271(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B15
281(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
291(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
2101(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
2111(chain B and (resid -1 through 11 or (resid 12...B-1 - 181
311(chain C and ((resid -1 and (name N or name...C-1
321(chain C and ((resid -1 and (name N or name...C-2 - 180
331(chain C and ((resid -1 and (name N or name...C-2 - 180
341(chain C and ((resid -1 and (name N or name...C-2 - 180
351(chain C and ((resid -1 and (name N or name...C-2 - 180
411(chain D and ((resid -1 and (name N or name...D-1
421(chain D and ((resid -1 and (name N or name...D-2 - 180
431(chain D and ((resid -1 and (name N or name...D-2 - 180
441(chain D and ((resid -1 and (name N or name...D-2 - 180
451(chain D and ((resid -1 and (name N or name...D-2 - 180

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要素

#1: タンパク質
Protease Lon-related BREX system protein BrxL


分子量: 19653.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
遺伝子: brxL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R9EDI8
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 45% Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 37994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.536 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 1513126
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.25-2.2931.32.63618780.5810.4762.6790.399
2.29-2.3337.12.02718540.7640.3372.0540.422
2.33-2.3837.92.26118900.8020.3722.2910.403
2.38-2.4240.51.63119040.8670.2591.6510.406
2.42-2.4841.71.38518960.8840.2171.4020.414
2.48-2.5341.41.21418500.9090.1911.2280.416
2.53-2.640.71.00719140.9350.161.020.42
2.6-2.6739.90.8218790.9570.1310.830.428
2.67-2.75390.7219050.9720.1170.730.425
2.75-2.8341.40.56718810.980.0890.5740.444
2.83-2.9439.50.4218960.9870.0680.4260.459
2.94-3.0541.70.33918960.9910.0530.3430.482
3.05-3.19420.24718970.9950.0390.250.525
3.19-3.3640.90.17918940.9980.0280.1810.58
3.36-3.5739.20.14219160.9980.0230.1440.619
3.57-3.8540.40.1119000.9990.0180.1110.691
3.85-4.2341.50.0919020.9990.0140.0910.778
4.23-4.85410.07419240.9990.0120.0750.816
4.85-6.139.40.07219320.9990.0120.0730.716
6.1-5039.90.059198610.010.060.799

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.94 Å
Translation2.5 Å48.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000v722データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2 model

解像度: 2.25→48.94 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 1879 5.34 %
Rwork0.2162 33295 -
obs0.217 35174 92.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.64 Å2 / Biso mean: 61.6607 Å2 / Biso min: 20.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→48.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5066 0 22 120 5208
Biso mean--66.37 49.38 -
残基数----716
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2014X-RAY DIFFRACTION5.544TORSIONAL
12B2014X-RAY DIFFRACTION5.544TORSIONAL
13C2014X-RAY DIFFRACTION5.544TORSIONAL
14D2014X-RAY DIFFRACTION5.544TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.310.33991200.29872017213774
2.31-2.380.32791340.2912192232680
2.38-2.460.3561280.27792374250287
2.46-2.550.28811400.26942471261190
2.55-2.650.33371420.26462556269892
2.65-2.770.32021480.26822570271893
2.77-2.910.27331400.25272610275095
2.92-3.10.3061480.25152671281997
3.1-3.340.29451470.23682731287898
3.34-3.670.23091560.20582726288298
3.67-4.20.2041580.188727602918100
4.2-5.290.15751580.177227612919100
5.29-48.940.19491600.19612856301699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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