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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eij | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-trimer | ||||||
要素 | DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / DNA Methyltransferase (DNAメチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / : / catalytic complex / DNAメチル化 / PRC2 methylates histones and DNA ...: / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / : / catalytic complex / DNAメチル化 / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, J.W. / Song, J.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the allosteric regulation and dynamic assembly of DNMT3B. 著者: Jiuwei Lu / Jian Fang / Hongtao Zhu / Kimberly Lu Liang / Nelli Khudaverdyan / Jikui Song / 要旨: Oligomerization of DNMT3B, a mammalian de novo DNA methyltransferase, critically regulates its chromatin targeting and DNA methylation activities. However, how the N-terminal PWWP and ADD domains ...Oligomerization of DNMT3B, a mammalian de novo DNA methyltransferase, critically regulates its chromatin targeting and DNA methylation activities. However, how the N-terminal PWWP and ADD domains interplay with the C-terminal methyltransferase (MTase) domain in regulating the dynamic assembly of DNMT3B remains unclear. Here, we report the cryo-EM structure of DNMT3B under various oligomerization states. The ADD domain of DNMT3B interacts with the MTase domain to form an autoinhibitory conformation, resembling the previously observed DNMT3A autoinhibition. Our combined structural and biochemical study further identifies a role for the PWWP domain and its associated ICF mutation in the allosteric regulation of DNMT3B tetramer, and a differential functional impact on DNMT3B by potential ADD-H3K4me0 and PWWP-H3K36me3 bindings. In addition, our comparative structural analysis reveals a coupling between DNMT3B oligomerization and folding of its substrate-binding sites. Together, this study provides mechanistic insights into the allosteric regulation and dynamic assembly of DNMT3B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eij.cif.gz | 219 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eij.ent.gz | 165 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eij.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eij | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73654.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UBC3, DNAメチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): -2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130219 / 対称性のタイプ: POINT |