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- PDB-8eif: Crystal structure of unmodified Pseudomonas aeruginosa protein PA0709 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eif

タイトル

Crystal structure of unmodified Pseudomonas aeruginosa protein PA0709

要素

Antibiotic biosynthesis monooxygenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / glyoxal

機能・相同性

機能・相同性情報

monooxygenase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of PA0709
著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Ulijasz, A.T.

履歴

登録	2022年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eif.cif.gz	624.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eif.ent.gz	428.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eif	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ecpC 8ecxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

B: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

C: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

D: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

E: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

F: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

G: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

H: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

I: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

J: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

K: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

L: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

150 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

B: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

C: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

D: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

E: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

F: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
75.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

I: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

J: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

G: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

H: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

K: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

L: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.408, 187.412, 60.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.187, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.17006737073, -0.00803729480528, 0.985399660699), (0.0022158219363, -0.999967329391, -0.0077736917484), (0.985429946544, 0.000861418867682, 0.170079623739)	-8.36386109472, -78.6135897591, 6.70394463198
2	given	(0.859747846502, -0.42635789498, -0.28116291687), (-0.417486053716, -0.90381346648, 0.0939500546168), (-0.294175178061, 0.0366082394796, -0.955050156492)	-9.05861826516, -72.0734208437, 44.700849428
3	given	(-0.444021394591, 0.414945048752, 0.794144576045), (0.143768896663, 0.907816004952, -0.393955080568), (-0.884406866492, -0.0607511947913, -0.462745920386)	15.1179367263, 3.05150704551, 36.9370226941
4	given	(-0.437782556497, 0.12663109751, -0.890118530517), (0.40230292043, 0.912979285292, -0.0679792971572), (0.80405148681, -0.387857434854, -0.450630465889)	38.3171596561, -6.11295477156, 6.33487966095
5	given	(-0.80061253468, -0.132021525399, -0.584456915559), (-0.123975755717, -0.917816781534, 0.377150324842), (-0.586216326374, 0.374409765317, 0.718448151454)	25.7387312945, -81.5688476742, 26.7835482241
6	given	(-0.168368287061, -0.00323952967199, 0.98571883687), (0.882395058382, 0.445218258577, 0.15218299239), (-0.439353025317, 0.895416220356, -0.0721020905911)	30.4776585158, 12.841425277, 51.7787522711
7	given	(0.999959882851, -0.00663007680103, 0.00602285395061), (-0.00837802005643, -0.454419556118, 0.890748379621), (-0.00316882754848, -0.890763104927, -0.454456873017)	38.4075529576, -28.4433205618, -15.3421758545
8	given	(-0.857523179235, 0.418648732421, 0.298976982254), (-0.0893694268052, 0.451098318919, -0.887988407707), (-0.506623235381, -0.788190044032, -0.349412867337)	30.4602303249, -49.2183051138, -28.8951601774
9	given	(0.44564830654, -0.417125981187, -0.792088064988), (-0.856052787722, -0.4573883765, -0.240768556245), (-0.261861053827, 0.785367295513, -0.560916214445)	6.55537272641, -90.2390598553, 34.611863867
10	given	(-0.433943350682, 0.130547034786, -0.891431792179), (0.534555456694, -0.759155499132, -0.371393850052), (-0.725219712996, -0.637683620494, 0.259645851182)	16.6666208467, -19.9812945347, -12.5549835322
11	given	(-0.800296185661, -0.134104984489, -0.584415835131), (-0.470119073566, 0.745313967388, 0.472752733134), (0.372174786742, 0.653087240077, -0.659517236289)	3.80380092708, 32.1735680292, 45.7054558732

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Quinol monooxygenase YgiN 分子量: 11709.907 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZNL3

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非ポリマー , 7種, 621分子

#2: 化合物	... ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸分子量: 74.079 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸分子量: 137.997 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇AsO₂
#5: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M PCB pH 5.5, 25% PEG 1500 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.16 Å / Num. obs: 76341 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 27.81 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.193 / R_pim(I) all: 0.12 / R_rim(I) all: 0.228 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.921 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 31853 / CC_1/2: 0.689 / R_pim(I) all: 1.195 / R_rim(I) all: 2.27 / Χ²: 1.01 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 2.1→39.16 Å / SU ML: 0.2081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	7631	10.02 %
R_work	0.171	68532	-
obs	0.1747	76163	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9630	0	561	528	10719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	10433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5654	13950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5055	1522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3083	242	0.2578	2177	X-RAY DIFFRACTION	93.51
2.12-2.15	0.3309	254	0.2349	2271	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.15-2.17	0.2576	258	0.2204	2305	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.17-2.2	0.2754	249	0.2102	2236	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.2-2.23	0.2799	264	0.1981	2341	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.23-2.26	0.2375	250	0.1926	2244	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.26-2.29	0.2681	255	0.1982	2288	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.29-2.33	0.2247	255	0.1903	2289	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.33-2.36	0.2562	239	0.1916	2202	X-RAY DIFFRACTION	97.45
2.36-2.4	0.2317	260	0.1864	2322	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.4-2.44	0.2203	257	0.1825	2269	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.44-2.49	0.2447	253	0.189	2301	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.49-2.54	0.2228	264	0.1821	2325	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.54-2.59	0.22	253	0.1663	2230	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.59-2.64	0.2163	259	0.1688	2318	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.64-2.71	0.2366	250	0.1642	2316	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.71-2.77	0.2149	259	0.1652	2289	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.77-2.85	0.2032	247	0.1599	2259	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.85-2.93	0.1928	254	0.1447	2265	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.93-3.03	0.1765	257	0.1588	2340	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.03-3.14	0.1927	251	0.158	2252	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.14-3.26	0.2177	258	0.1631	2294	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.26-3.41	0.192	259	0.1527	2311	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.41-3.59	0.1764	261	0.1415	2310	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.59-3.81	0.174	250	0.1474	2231	X-RAY DIFFRACTION	97.29
3.81-4.11	0.1685	260	0.1512	2297	X-RAY DIFFRACTION	99.46
4.11-4.52	0.1782	261	0.1463	2306	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.52-5.17	0.1786	254	0.1577	2323	X-RAY DIFFRACTION	99.54
5.17-6.51	0.2282	248	0.2149	2305	X-RAY DIFFRACTION	98.15
6.51-39.16	0.2282	250	0.2111	2316	X-RAY DIFFRACTION	98.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0455842227	-0.516728569973	0.465980835809	4.97889746517	0.00835411856477	7.35496377725	0.129410371968	0.424271532721	-0.41012186979	-0.00623480583802	0.0163391483618	0.0811709910441	0.816567517718	0.250887617012	-0.168297733198	0.220001010817	0.0177501148335	0.00189834280852	0.238757099501	-0.0624378710599	0.202409353165	3.059	-45.955	-0.013
2	1.00517554803	0.498795557762	-0.4903073357	0.980010051218	0.406302654521	1.97561987914	0.0470663096558	0.121142227	0.119963043973	-0.0435633878343	-0.0580096838583	0.0691901301845	-0.174046244066	-0.167099300381	0.0130574658566	0.202880293612	0.02944809132	0.0010741359809	0.229856944443	0.0108975395276	0.184884481216	2.946	-28.779	5.159
3	2.89750111538	1.12469301605	-0.99942798253	6.14170525358	-0.719927870398	2.8655808957	-0.0025122806097	0.157063659614	-0.0477250702103	-0.420186659658	-0.00889568511402	-0.013846120792	0.0154766770723	-0.00344199145446	-0.028141512024	0.234199498028	0.0308920400476	-0.010750755293	0.260787840591	-0.00595031074348	0.126300634596	10.547	-36.59	-5.462
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精密化 TLSグループ

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6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:5 )	B	1 - 5
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25	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 76:92 )	E	76 - 92
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51	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN J AND RESID 76:97 )	J	76 - 97
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53	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN K AND RESID 18:38 )	K	18 - 38
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60	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN L AND RESID 56:77 )	L	56 - 77
61	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN L AND RESID 78:98 )	L	78 - 98

+
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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