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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ecp | ||||||
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Title | R16A PA0709 with BME modifications | ||||||
![]() | Antibiotic biosynthesis monooxygenase | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / glyoxal | ||||||
Function / homology | : / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Dimeric alpha-beta barrel / monooxygenase activity / cytosol / ACETATE ION / Antibiotic biosynthesis monooxygenase![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Ulijasz, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural characterization of PA0709 Authors: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Ulijasz, A.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 125.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 80.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ecxC ![]() 8eifC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 11754.042 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R16A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-1PE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate, 30 % PEG 8000 Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 30, 2022 |
Radiation | Monochromator: 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→31.39 Å / Num. obs: 28306 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.77 / Net I/σ(I): 16.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.52 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1350 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.264 / Rrim(I) all: 0.451 / Χ2: 0.52 / % possible all: 96.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: unpublished Resolution: 1.5→31.39 Å / SU ML: 0.1664 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / Phase error: 20.8059 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→31.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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