+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ecx | |||||||||
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Title | PA0709 with glyoxal and BME modifications | |||||||||
Components | Antibiotic biosynthesis monooxygenase | |||||||||
Keywords | CYTOSOLIC PROTEIN / glyoxal | |||||||||
Function / homology | ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Dimeric alpha-beta barrel / monooxygenase activity / cytosol / ACETATE ION / Antibiotic biosynthesis monooxygenase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03 Å | |||||||||
Authors | Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural characterization of PA0709 Authors: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Ulijasz, A.T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ecx.cif.gz | 334.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ecx.ent.gz | 227.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ecx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ecx_validation.pdf.gz | 490.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ecx_full_validation.pdf.gz | 496.9 KB | Display | |
Data in XML | 8ecx_validation.xml.gz | 35.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8ecx_validation.cif.gz | 49.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ecx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ecpC 8eifC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11786.025 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C/D/E subunits have HEM/CAR modifications modelled alongside unmodified ARG at Arg49 position Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A072ZNL3 #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 12 % PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5 / Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→49.64 Å / Num. obs: 63379 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 29.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.03→2.08 Å / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4439 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.536 / Rrim(I) all: 1.409 / Χ2: 0.99 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: unpublished Resolution: 2.03→49.64 Å / SU ML: 0.2026 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.2779 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03→49.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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