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- PDB-8eho: PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eho
タイトルPRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin
要素
  • Papain-like protease 2
  • Ubiquitin
キーワードVIRAL PROTEIN / PLP2 / DUB / deubiquitinating
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / host cell endoplasmic reticulum / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / host cell membrane / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / RNA helicase activity / viral protein processing ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / host cell endoplasmic reticulum / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / host cell membrane / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arterivirus polyprotein, nsp2, non-essential region / Non-essential region of nsp2 of arterivirus polyprotein / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / : / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Nsp1alpha N-terminal zinc finger ...Arterivirus polyprotein, nsp2, non-essential region / Non-essential region of nsp2 of arterivirus polyprotein / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / : / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Nsp1alpha N-terminal zinc finger / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINOPROPANE / NITRATE ION / Tail fiber / ORF1a
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Bailey-Elkin, B.A. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPAS-2020-00012 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2020-05682 カナダ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Demonstrating the importance of porcine reproductive and respiratory syndrome virus papain-like protease 2 deubiquitinating activity in viral replication by structure-guided mutagenesis.
著者: Bailey-Elkin, B.A. / Knaap, R.C.M. / De Silva, A. / Boekhoud, I.M. / Mous, S. / van Vught, N. / Khajehpour, M. / van den Born, E. / Kikkert, M. / Mark, B.L.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain-like protease 2
B: Ubiquitin
C: Papain-like protease 2
D: Ubiquitin
E: Papain-like protease 2
F: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,84120
ポリマ－91,7616
非ポリマー1,08014
水3,099172
1
A: Papain-like protease 2
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9587
ポリマ－30,5872
非ポリマー3715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Papain-like protease 2
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9887
ポリマ－30,5872
非ポリマー4015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Papain-like protease 2
F: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8966
ポリマ－30,5872
非ポリマー3094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.686, 159.492, 147.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-727-

HOH

21E-733-

HOH

31E-735-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Papain-like protease 2 / ORF1a


分子量: 22067.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0NX70
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-3CN / 3-AMINOPROPANE / プロピルアミン


分子量: 59.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9N
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→45.84 Å / Num. obs: 24728 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.85→9.01 Å / Num. unique obs: 3640 / CC1/2: 0.685

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ubq

1ubq


解像度: 2.85→43.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 15.682 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.75 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24658 1156 4.7 %RANDOM
Rwork0.21247 ---
obs0.21408 23538 96.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.14 Å2-0 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5577 0 61 172 5810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0175766
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0195512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.8787842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9542.6412739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9375715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67422.366279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20215950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6241539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9724.4852878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9734.4852876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7566.7213587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7566.7213587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7724.5652888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7724.5662886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4176.8024253
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.21783.90322832
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.20583.97922786
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 92 -
Rwork0.371 1731 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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