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- PDB-8ehb: Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ehb
タイトルStructure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin D mutant I53M
要素Putative lipoprotein
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Metallopeptidase inhibitor / HYDROLASE
機能・相同性Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Putative lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia.
著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_detector
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
C: Putative lipoprotein
D: Putative lipoprotein
E: Putative lipoprotein
F: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9517
ポリマ－78,8896
非ポリマー621
水1,18966
1
A: Putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1481
ポリマ－13,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1481
ポリマ－13,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1481
ポリマ－13,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2102
ポリマ－13,1481
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1481
ポリマ－13,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1481
ポリマ－13,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.960, 78.150, 71.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 29 through 125)
d_2ens_1(chain "B" and resid 29 through 125)
d_3ens_1(chain "C" and resid 29 through 125)
d_4ens_1(chain "D" and resid 29 through 125)
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1(chain "F" and resid 29 through 125)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1CYSLYSA6 - 102
d_21ens_1CYSLYSB4 - 100
d_31ens_1CYSLYSC6 - 102
d_41ens_1CYSLYSD4 - 100
d_51ens_1CYSLYSE1 - 97
d_61ens_1CYSLYSF2 - 98

-
要素

#1: タンパク質
Putative lipoprotein


分子量: 13148.148 Da / 分子数: 6 / 変異: I53M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (strain ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338) (バクテリア)
株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338
遺伝子: BFO_2662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ULV2
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Isolated selenomethionine-derivatised PotD mutant I53M at 14 mgL in 5 mM Tris-HCl, 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide pH 8.0 was crystallised with 20% PEG 3350, 0.2 M diammonium ...詳細: Isolated selenomethionine-derivatised PotD mutant I53M at 14 mgL in 5 mM Tris-HCl, 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide pH 8.0 was crystallised with 20% PEG 3350, 0.2 M diammonium hydrogen citrate as reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→63.2 Å / Num. obs: 27047 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 4462 / CC1/2: 0.776

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.4→63.2 Å / SU ML: 0.3908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.0272
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 531 1.97 %
Rwork0.2177 26453 -
obs0.218 26984 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→63.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4944 0 4 66 5014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00945053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20126788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.42072007
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.76100053282
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.632918698662
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.13386665557
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.4023591259
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.62050876219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.640.35611490.31686559X-RAY DIFFRACTION98.91
2.64-3.020.29271230.28416575X-RAY DIFFRACTION99.33
3.02-3.810.24521270.22486613X-RAY DIFFRACTION99.5
3.81-63.20.19321320.17916706X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.66594742131-0.618435323505-1.782366042172.163135853481.661553533124.07253634905-0.1629005854130.0482886841405-0.2474943447680.1994125339250.1480404672820.1550660567360.283883196205-0.3828279589060.0009886129670880.43927212617-0.00278189583538-0.02181264089180.4782499578290.08546651706570.4081792887372.909020162361.638520227047.91714298
22.475330579462.70866878283-1.027556590155.37760996223-0.6586786584622.03429600772-0.04552889039030.2687800091390.09280797688960.05456454366540.005987381163060.14141131255-6.69273855523E-5-0.0850430692232-0.00279877021220.453368921591-0.00530840062591-0.05893752020150.4836342229890.01077082446730.521055629752-1.68611203731-11.4000475307-9.76230294702
35.046731484550.531422475419-1.387146882712.30909749323-1.757694286395.17013699369-0.203036044459-0.0432414689147-0.251911954228-0.2065087296310.236451670838-0.1954575003670.4997164450830.260922614413-0.0002711935622010.468194500660.0125206540289-0.01576801932360.349462782133-0.06312164793490.40647496548232.27254875120.755377697595-7.68868079503
43.75513029944-2.71731750622-1.087029444835.606854038470.7718164005061.2257333432-0.116486347007-0.3156331603240.1068191955560.008470157915910.0579676234897-0.0802011688314-0.00204607218283-0.15102978086-0.004123894416130.4318751849670.0446035020876-0.04317897432290.433612941628-0.02498273704080.44681623996536.7853404432-12.36276548839.8414237819
56.5586398314-0.326459298898-1.786299570012.442510524331.226056293115.643754871080.3500773941410.4083800751170.367193216201-0.0542224464549-0.1063737112660.120866526911-0.146764180156-0.1361892780588.59626225758E-50.4945088072360.009591142334110.006393123479130.5391283884210.02736970677370.47998022567213.43165597147.87229327935-31.0581248463
64.917940932550.594263657621-0.7925661065481.799825438490.2995813590414.366325527490.194514269904-0.7486435156130.132702917377-0.02225923240520.10428650275-0.1242148145440.04822279569280.101338846863-0.001295824020260.5185283857730.098880544207-0.02707490097960.65268669936-0.05186080419550.512173226832-15.39316314066.07701544696-31.5476720831
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 24 through 125)AA24 - 1251 - 102
22(chain 'B' and resid 26 through 125)BB26 - 1251 - 100
33(chain 'C' and resid 24 through 125)CC24 - 1251 - 102
44(chain 'D' and resid 26 through 125)DD26 - 1251 - 100
55(chain 'E' and resid 29 through 125)EE29 - 1251 - 97
66(chain 'F' and resid 28 through 125)FF28 - 1251 - 98

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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