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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ehb | ||||||
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タイトル | Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin D mutant I53M | ||||||
要素 | Putative lipoprotein | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / Metallopeptidase inhibitor / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | Putative lipoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tannerella forsythia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia. 著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ehb.cif.gz | 311.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ehb.ent.gz | 212.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ehb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ehb_validation.pdf.gz | 762.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ehb_full_validation.pdf.gz | 767.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ehb_validation.xml.gz | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ehb_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/8ehb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/8ehb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13148.148 Da / 分子数: 6 / 変異: I53M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tannerella forsythia (strain ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338) (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ULV2 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Isolated selenomethionine-derivatised PotD mutant I53M at 14 mgL in 5 mM Tris-HCl, 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide pH 8.0 was crystallised with 20% PEG 3350, 0.2 M diammonium ...詳細: Isolated selenomethionine-derivatised PotD mutant I53M at 14 mgL in 5 mM Tris-HCl, 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide pH 8.0 was crystallised with 20% PEG 3350, 0.2 M diammonium hydrogen citrate as reservoir solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→63.2 Å / Num. obs: 27047 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 4462 / CC1/2: 0.776 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold 解像度: 2.4→63.2 Å / SU ML: 0.3908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.0272 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→63.2 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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