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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8efy | ||||||
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タイトル | Structure of double homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motors | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Holliday Junction / AAA+ ATPase / RuvB / Homo-hexamer / DNA recombination | ||||||
機能・相同性 | ![]() Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||
![]() | Shen, Z.F. / Rish, A.D. / Fu, T.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of double homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor binding with DNA substrate 著者: Rish, A.D. / Shen, Z.F. / Fu, T.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 753 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 623.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 107.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 159 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28107MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFIJKLMN
#1: タンパク質 | 分子量: 36024.688 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: ruvB, TTHA0406 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 GOHP
#2: DNA鎖 | 分子量: 15146.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: DNA鎖 | 分子量: 15691.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 20分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-AGS / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Double homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motors / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 326270 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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