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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8efg | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human TATDN1 bound to dAMP and two zinc ions | |||||||||
![]() | Deoxyribonuclease TATDN1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Nuclease / TatD / AP-endonuclease / exonuclease | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dorival, J. / Eichman, B.F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human and bacterial TatD enzymes exhibit apurinic/apyrimidinic (AP) endonuclease activity. 著者: Dorival, J. / Eichman, B.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xioS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33404.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6P1N9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ |
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-非ポリマー , 7種, 428分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/D5M.gif)
![](data/chem/img/3D1.gif)
![](data/chem/img/ADE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/D5M.gif)
![](data/chem/img/3D1.gif)
![](data/chem/img/ADE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-3D1 / ( | #7: 化合物 | ChemComp-ADE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 19% PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→45.3 Å / Num. obs: 52962 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 6.62 % / Biso Wilson estimate: 21.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.505→1.6 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique obs: 8656 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 0.743 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XIO 解像度: 1.5→45.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU R Cruickshank DPI: 0.0681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.84 Å2 / Biso mean: 23.162 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→45.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.505→1.544 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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