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Yorodumi- PDB-8ef3: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ef3 | ||||||
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Title | Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes | ||||||
Biological species | Macaca mulatta (Rhesus monkey) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.672 Å | ||||||
Authors | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2023 Title: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes. Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W. ...Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ef3.cif.gz | 351.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ef3.ent.gz | 283.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ef3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ef3_validation.pdf.gz | 446 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ef3_full_validation.pdf.gz | 452.1 KB | Display | |
Data in XML | 8ef3_validation.xml.gz | 41.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8ef3_validation.cif.gz | 63.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/8ef3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/8ef3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ee5C 8ee8C 8eedC 8eeeC 8eezC 8ef0C 8ef1C 8ef2C 5qf1S 5tz2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23538.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22573.865 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 18% PEG 8K, 0.2M CaAc hydrate, 0.1M Na Cacodylate (pH6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.67→50 Å / Num. obs: 114507 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.85 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 21.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.67→1.73 Å / Num. unique obs: 11124 / CC1/2: 0.35 / Rsym value: 1.118 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5TZ2, 5QF1 Resolution: 1.672→34.305 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.01 Å2 / Biso mean: 22.9508 Å2 / Biso min: 5.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.672→34.305 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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