PDB-8ef0: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ104-D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ef0

タイトル

Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ104-D

要素

rhMZ104-D antibody heavy chain
rhMZ104-D antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...

履歴

登録	2022年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ef0.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ef0.ent.gz	109.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ef0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ef0_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ef0_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	8ef0_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	8ef0_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/8ef0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/8ef0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ee5C 8ee8C 8eedC 8eeeC 8eezC 8ef1C 8ef2C 8ef3C 4fqqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: rhMZ104-D antibody heavy chain

L: rhMZ104-D antibody light chain

ヘテロ分子

48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Reduced and native SDS PAGE

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.728, 71.728, 159.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-455- HOH
2	1	H-457- HOH
3	1	L-426- HOH

#1: 抗体	rhMZ104-D antibody heavy chain 分子量: 24472.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	rhMZ104-D antibody light chain 分子量: 23542.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26% PEG 8K, 0.2M ZnAc, 0.1M Tris-HCl (pH8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 17381 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.81 / R_sym value: 0.194 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.48→2.56 Å / Num. unique obs: 1540 / CC_1/2: 0.46 / R_sym value: 0.96 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FQQ

4fqq

解像度: 2.55→9.947 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	723	5.06 %
R_work	0.1847	13568	-
obs	0.1876	14291	89.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.52 Å² / B_iso mean: 43.5236 Å² / B_iso min: 14.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→9.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3330	0	8	119	3457
B_iso mean	-	-	107.17	36.35	-
残基数	-	-	-	-	441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3421
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.817	4664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.783	2034

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5501-2.7432	0.3217	103	0.2482	1822	1925	61
2.7432-3.0122	0.2968	148	0.2272	2706	2854	91
3.0122-3.4323	0.2674	156	0.1989	2969	3125	99
3.4323-4.2668	0.2156	156	0.1675	2986	3142	99
4.2668-9.947	0.2054	160	0.1624	3085	3245	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8861	1.1969	-0.6736	3.5552	-1.0128	1.4912	0.1579	-0.2094	0.3704	-0.1373	-0.0314	0.5083	-0.3364	-0.6394	-0.1039	0.2573	0.2083	-0.0403	0.4272	0.0031	0.3048	0.883	57.506	7.975
2	2.2016	0.2529	0.1599	1.2941	1.2255	2.1816	-0.0403	-0.1911	0.5271	-0.9517	0.643	0.1831	-1.1053	-0.287	0.9875	0.0046	0.2746	-0.0699	0.2789	0.0268	0.2575	7.942	54.423	12.898
3	4.4879	0.6219	0.748	4.1281	1.1339	3.0246	-0.4202	-0.1599	-0.391	0.4242	0.2679	0.0685	-0.0268	0.7444	0.1384	0.2131	0.0667	0.003	0.4797	0.1197	0.2899	16.315	35.163	29.354
4	3.5122	-0.1809	-0.8396	1.1894	-0.6298	1.864	-0.0313	0.1991	0.2683	0.1544	-0.0403	0.2013	-0.0333	0.0618	0.1726	0.0801	0.0118	0.0276	0.2834	0.1463	0.34	11.919	34.869	28.284
5	4.3893	-1.6073	-0.5349	4.9298	-0.162	1.9666	-0.0549	0.2617	0.3155	0.1496	0.0595	-0.3137	-0.2551	0.0772	0.19	0.262	-0.0281	0.0145	0.1856	0.0671	0.2131	27.697	57.616	2.163
6	3.4501	-0.5782	-0.96	2.4011	-0.161	1.9072	0.0801	0.0299	0.9536	-0.1806	0.0408	-0.1466	-0.6246	0.0766	0.1485	0.5222	-0.0003	-0.1112	0.2478	0.0069	0.3202	21.826	65.676	0.444
7	3.2235	-0.8885	-0.7838	2.5226	0.514	0.8831	-0.1217	-0.5426	0.8653	0.3133	0.0349	-0.539	-0.6278	0.0837	-0.1095	0.6117	0.0014	-0.155	0.2187	-0.077	0.5086	24.661	67.964	8.156
8	5.8542	-0.373	-0.1782	3.7689	-0.2008	1.4002	-0.4963	-0.4783	0.3248	0.6259	0.1242	-0.0797	-0.6017	-0.1418	0.222	0.4385	0.0549	-0.0533	0.2113	-0.067	0.2298	23.849	60.31	9.385
9	5.553	-0.5804	-0.1428	3.846	0.0586	1.2076	-0.2456	0.6037	-0.0178	-0.0252	0.0087	0.3925	-0.439	-0.1216	0.1175	0.2978	0.0356	-0.1231	0.2345	-0.0088	0.226	18.064	59.124	2.708
10	3.5189	0.3396	-0.9838	3.2739	-1.0262	2.1851	-0.3039	-0.0374	-0.4292	0.1359	-0.0164	0.2531	0.0684	-0.0788	0.3219	0.1548	0.0683	0.0388	0.2874	0.0741	0.2914	22.558	29.804	23.227
11	3.4935	1.697	-1.0135	1.6544	0.4681	1.43	0.0252	0.6678	-0.9099	-0.0667	-0.211	-0.4752	0.217	0.1418	0.2846	0.0891	0.0625	-0.0391	0.3717	-0.0355	0.4422	30.138	30.089	15.271
12	4.8252	0.7249	-0.5979	3.9041	-0.6733	4.1627	-0.1036	0.3772	-0.2039	-0.0705	0.1649	0.5615	-0.0031	-0.138	0.0816	0.1491	0.0552	0.0427	0.3362	0.0052	0.2861	23.344	31.041	16.244
13	2.7553	0.3729	-0.4564	2.6775	-0.6921	1.6113	-0.4978	-0.3783	-1.7439	0.4097	0.1999	0.4296	0.8465	0.06	0.4336	0.3304	0.1791	0.2911	0.1895	0.2265	1.0526	24.291	18.139	21.148
14	1.3499	1.7523	-0.4856	3.1383	-0.8365	3.2956	-0.6134	-0.2669	-0.4643	-0.2158	-0.14	-0.5711	-0.0509	0.6318	-0.3857	-0.0093	-0.0828	0.1527	0.309	0.2889	0.4387	32.168	25.329	22.344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 2:99 )	H	2 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 100:138 )	H	100 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 139:179 )	H	139 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 180:213 )	H	180 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 1:17 )	L	1 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 18:40 )	L	18 - 40
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 41:83 )	L	41 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 84:100 )	L	84 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 101:115 )	L	101 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 116:149 )	L	116 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN L AND RESID 150:160 )	L	150 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 161:191 )	L	161 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN L AND RESID 192:207 )	L	192 - 207
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN L AND RESID 208:208 )	L	208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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