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- PDB-8ee5: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ11... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ee5
タイトルCrystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein
要素
  • Envelope protein E
  • rhMZ119-D antibody heavy chain
  • rhMZ119-D antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.583 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: Envelope protein E
H: rhMZ119-D antibody heavy chain
L: rhMZ119-D antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5084
ポリマ－90,0843
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Migrated as complex of Fab (heavy and light chain) and ZIKVE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.681, 103.672, 196.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 44214.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: A0A024B7W1
#2: 抗体 rhMZ119-D antibody heavy chain


分子量: 23296.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 rhMZ119-D antibody light chain


分子量: 22573.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06M Nitrate Phosphate Sulfate , 0.1M Sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% Ethylene glycol, 10 % PEG 8000 + 2% w/v Benzamidine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→29.4 Å / Num. obs: 23586 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 9.97
反射 シェル解像度: 3.58→3.72 Å / Num. unique obs: 1900 / CC1/2: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NIP

6nip


解像度: 3.583→14.994 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2964 1176 4.99 %
Rwork0.249 --
obs0.2513 23586 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.583→14.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 28 0 6300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.688740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5483826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.583-3.74340.35141490.33062757X-RAY DIFFRACTION97
3.7434-3.93740.37841430.31612792X-RAY DIFFRACTION100
3.9374-4.17910.33731470.2912790X-RAY DIFFRACTION100
4.1791-4.49370.30581450.24852813X-RAY DIFFRACTION100
4.4937-4.93130.30361450.23242817X-RAY DIFFRACTION100
4.9313-5.61180.31191460.23282825X-RAY DIFFRACTION100
5.6118-6.9510.28311480.26982820X-RAY DIFFRACTION100
6.951-14.9940.23021530.19722796X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.09270.07620.49220.5542-0.23934.667-0.02510.10360.0681-0.0624-0.03770.00220.3418-0.2014-0.01170.5595-0.08080.01610.90220.06210.8765-65.33219.689193.926
21.0721-0.35582.38930.6826-0.217111.3634-0.1071-0.0925-0.2595-0.08180.11060.00150.0303-0.364-0.07720.6444-0.05740.07790.9179-0.07870.9947-69.97219.264179.425
34.8013-0.3504-1.21633.587-2.48428.3426-0.14670.3525-0.1811-0.65890.14970.11060.7952-0.24230.34820.8246-0.1721-0.09320.6729-0.07930.6782-61.96918.265137.434
43.3335-0.1334-1.31766.01520.31561.0851.2864-0.32690.0766-0.6245-0.5429-0.38370.0488-0.7935-0.07680.8450.0125-0.1850.9742-0.04141.0595-54.85359.408207.41
53.83750.1509-1.31843.4857-1.07531.9745-0.54090.4581-0.2384-0.83921.2312-0.14910.8787-0.19720.25810.7178-0.0219-0.15150.9432-0.09640.81-55.844.796204.921
60.8191-0.7450.14380.8972-1.51870.9677-0.10811.5983-0.21250.18760.7333-1.7812-0.83741.2425-0.35120.41610.2545-0.10370.5689-0.14630.4493-59.08648.928217.29
70.10040.10020.05270.1112-0.07810.05460.427-1.152-0.0926-0.6701-0.6830.1187-0.26530.0215-00.9637-0.0276-0.20520.55560.13181.1051-61.38754.595209.558
80.04080.1081-0.1281-0.036-0.05880.0884-0.76460.51750.12790.53120.62011.33940.01720.8075-00.91340.0923-0.13371.0145-0.05550.8054-52.17745.038214.189
93.69273.5673-0.46533.2107-0.93061.2880.05950.10630.518-1.2727-0.1045-1.6435-0.2852-0.0680.25170.70240.2516-0.01941.01350.15050.7635-49.19653.38211.89
100.14880.4165-0.56691.7368-0.68041.3512-0.5589-0.05810.41041.0347-0.0802-0.0635-2.17640.04450.28381.7187-0.1363-0.13761.31770.11920.8552-37.64884.383212.671
118.76542.77234.98536.9995-0.78343.9054-0.26993.36520.4156-1.41-0.54040.99720.10162.11280.89041.4943-0.2004-0.19461.2665-0.34330.938-39.3379.509211.862
120.8677-2.7877-1.32548.67654.21222.04310.2267-2.2617-0.1693-1.6684-0.4722-1.0108-1.5188-0.63860.57611.6782-0.54430.24331.947-0.17320.9991-31.80876.486202.958
133.34640.58880.25574.22472.10217.2167-0.04050.96850.3676-1.1411.31360.9458-2.21150.9908-0.28071.34430.3038-0.01060.56140.2371.0047-39.60475.054215.336
142.01844.3227-7.7034.1849-2.23975.1792-0.26861.4432.9891-0.91020.48-1.1043-0.62572.419-0.07741.1261-0.21840.2052.2415-0.10621.1525-25.16680.795210.496
150.4777-0.66710.10271.21491.69247.2218-0.19890.94931.0399-0.5357-0.2208-0.4574-0.28551.16230.69271.5233-0.36270.01871.86250.57441.2282-35.1182.672202.645
162.09094.05094.25071.15890.0911.0459-1.8538-2.41471.82313.0371-1.90926.140.4571-4.23910.66340.1830.7271-1.83940.23770.8938-2.2527-38.9347.952232.314
170.65360.17460.42060.10540.10520.41870.40570.0094-0.0819-3.1943-0.7617-1.00930.0553-0.22820-0.4144-0.2973-0.14220.2398-0.12990.1847-40.69340.626222.872
18-3.27881.38671.15451.0367-1.2173-0.70761.8643-1.77122.00680.878-1.15250.3179-2.83260.274-0.0011-1.5408-0.9823-0.4155-0.3432-0.33950.8968-37.65849.864226.101
193.63461.8752-0.70732.87851.89933.1015-0.09880.19390.1990.11890.28070.4514-0.223-0.1144-0.13490.6977-0.0673-0.09291.03110.04460.8385-34.42982.194225.356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN Z AND RESID 1:129 )Z1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN Z AND RESID 130:304 )Z130 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN Z AND RESID 305:403 )Z305 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 1:17 )H1 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 18:33 )H18 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 34:69 )H34 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 70:87 )H70 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 88:100 )H88 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 101:111 )H101 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 112:133 )H112 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 134:148 )H134 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 149:158 )H149 - 158
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 159:176 )H159 - 176
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND RESID 177:187 )H177 - 187
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND RESID 188:211 )H188 - 211
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 1:18 )L1 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 19:61 )L19 - 61
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 62:119 )L62 - 119
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 120:210 )L120 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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