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万見
- PDB-8edg: Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two left-end... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edg
タイトルCryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two left-ends of its DNA transposon
要素
  • DNA (46-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (55-MER)
  • Hermes transposase
キーワードRECOMBINATION/DNA / transposase / transpososome / BED domain / protein-DNA complex / RECOMBINATION / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / protein dimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hermes trasposase, DNA-binding domain / Hermes transposase DNA-binding domain / HAT, C-terminal dimerisation domain / hAT family C-terminal dimerisation region / BED zinc finger / Zinc finger, BED-type / Zinc finger BED-type profile. / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hermes transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Musca domestica (イエバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.64 Å
データ登録者Lannes, L. / Dyda, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036153-16 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Zinc-finger BED domains drive the formation of the active Hermes transpososome by asymmetric DNA binding.
著者: Laurie Lannes / Christopher M Furman / Alison B Hickman / Fred Dyda /
要旨: The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo- ...The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo-electron microscopy, and in-cell assays, shows that the full-length Hermes octamer extensively interacts with its transposon left-end through multiple BED domains of three Hermes protomers contributed by three dimers explaining the role of the unusual higher-order assembly. By contrast, the right-end is bound to no BED domains at all. Thus, this work supports a model in which Hermes multimerizes to gather enough BED domains to find its left-end among the abundant genomic DNA, facilitating the subsequent interaction with the right-end.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
N: DNA (46-MER)
O: DNA (55-MER)
Q: DNA (46-MER)
R: DNA (55-MER)
P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
A: Hermes transposase
C: Hermes transposase
I: Hermes transposase
E: Hermes transposase
G: Hermes transposase
K: Hermes transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,19118
ポリマ－487,79812
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*A)-3')


分子量: 2162.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ)
#2: DNA鎖 DNA (46-MER)


分子量: 14173.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ)
#3: DNA鎖 DNA (55-MER)


分子量: 16931.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ)
#4: タンパク質
Hermes transposase


分子量: 70210.570 Da / 分子数: 6 / Mutation: Q2E,K128G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musca domestica (イエバエ) / プラスミド: pBAD/Myc-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q25438
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Two left-end Hermes transpososome / タイプ: COMPLEX
詳細: Hermes transposase tetramer of dimers complex bound to two transposon left-end DNAs. The complex was obtained by mixing the purified protein and the DNA.
Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.627 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Musca domestica (イエバエ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.3 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The complex was formed in vitro by mixing the purified protein with the DNA and further purified by size exclusion chromatography.
試料支持グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 22.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9500

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION3.1CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8Coot0.9モデルフィッティング
10PHENIX1.19.2モデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3850000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143400
詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes transposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Due to their low resolution two ...詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes transposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Due to their low resolution two Hermes dimers have been partially or completely masked out during the processing. Only the opposite two Hermes dimers interacting with the DNAs have been fully reconstructed, along with the two DNAs and the two BED domains of a third Hermes dimer.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16DX0

6dx0

16DX01PDBexperimental model
24D1Q

4d1q

14D1Q2PDBexperimental model
38EB5

8eb5

18EB53PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 173.07 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00324244
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57433640
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.8044640
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0383818
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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