PDB-8ede: Crystal structure of covalent inhibitor 2-chloro-N'-(N-(4-chlorop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ede

タイトル

Crystal structure of covalent inhibitor 2-chloro-N'-(N-(4-chlorophenyl)-N-methylglycyl)acetohydrazide bound to Ubiquitin C-terminal Hydrolase-L1

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / UCHL1 / deubiquitylating enzyme / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

axon target recognition / male germ cell proliferation / alpha-2A adrenergic receptor binding / muscle cell development / neuron projection terminus / adult walking behavior / neuromuscular process / eating behavior / axonal transport of mitochondrion / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Patel, R. / Imhoff, R. / Flaherty, D. / Das, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Covalent Fragment Screening and Optimization Identifies the Chloroacetohydrazide Scaffold as Inhibitors for Ubiquitin C-terminal Hydrolase L1.
著者: Imhoff, R.D. / Patel, R. / Safdar, M.H. / Jones, H.B.L. / Pinto-Fernandez, A. / Vendrell, I. / Chen, H. / Muli, C.S. / Krabill, A.D. / Kessler, B.M. / Wendt, M.K. / Das, C. / Flaherty, D.P.

履歴

登録	2022年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	8ede_validation.cif.gz	29 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	2etlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.003, 110.003, 79.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-303- SO4
2	1	A-502- HOH
3	1	A-513- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 / UCH-L1 / Neuron cytoplasmic protein 9.5 / PGP 9.5 / PGP9.5 / Ubiquitin thioesterase L1 分子量: 24855.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCHL1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 / 参照: UniProt: P09936, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-WEU / 2-[(4-chlorophenyl)-methyl-amino]-~{N}'-ethanoyl-ethanehydrazide 分子量: 255.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄ClN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.38 % / 解説: Well defined cubic crystal
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M tri-Sodium citrate 2.4M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 45890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.153 / Χ²: 1.045 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	12.9	2.229	4521	0.617	0.647	2.322	1.03	100
1.86-1.94	12.8	1.711	4505	0.718	0.497	1.783	1.024	100
1.94-2.03	12.5	1.133	4514	0.859	0.334	1.182	1.025	100
2.03-2.13	12.3	0.697	4515	0.946	0.206	0.727	1.08	100
2.13-2.27	13.1	0.475	4554	0.969	0.136	0.494	1.114	100
2.27-2.44	12.6	0.33	4564	0.98	0.096	0.344	1.072	100
2.44-2.69	12.6	0.219	4576	0.991	0.064	0.228	1.067	100
2.69-3.08	13	0.156	4603	0.996	0.045	0.163	1.024	100
3.08-3.88	12.7	0.104	4648	0.996	0.03	0.108	0.995	100
3.88-50	12.2	0.071	4890	0.998	0.021	0.074	1.023	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DENZO	721.3	データ削減
SCALEPACK	721.3	データスケーリング
MOLREP	1.12_2829	位相決定
HKL-3000	721.3	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ETL

2etl

解像度: 1.799→45.252 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	2371	5.17 %
R_work	0.1928	43467	-
obs	0.1946	45838	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.55 Å² / B_iso mean: 47.1589 Å² / B_iso min: 16.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.799→45.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3386	0	80	213	3679
B_iso mean	-	-	63.33	48.44	-
残基数	-	-	-	-	438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.834	4742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.537	2133

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.7991-1.8359	0.3812	133	0.3428	2533
1.8359-1.8758	0.3592	135	0.3162	2500
1.8758-1.9194	0.3464	142	0.2961	2512
1.9194-1.9674	0.3208	123	0.2637	2544
1.9674-2.0206	0.2848	161	0.2424	2488
2.0206-2.0801	0.2611	145	0.2196	2522
2.0801-2.1472	0.2465	123	0.212	2524
2.1472-2.2239	0.258	122	0.208	2568
2.2239-2.313	0.2267	146	0.2024	2491
2.313-2.4182	0.2684	144	0.2112	2552
2.4182-2.5457	0.2448	153	0.2009	2533
2.5457-2.7052	0.273	134	0.2078	2555
2.7052-2.914	0.2644	126	0.213	2570
2.914-3.2072	0.2374	129	0.2035	2589
3.2072-3.6711	0.2024	140	0.1719	2608
3.6711-4.6245	0.1626	155	0.142	2615
4.6245-45.252	0.207	160	0.1787	2763

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8796	0.8722	2.4482	4.4226	1.3333	6.4361	-0.2715	-0.3283	-0.3661	1.0055	0.317	-0.0382	0.7135	-0.0577	0.0126	0.5185	0.137	0.1296	0.297	0.0712	0.2506	37.2374	10.332	24.1373
2	6.4699	0.3865	-0.9414	5.7361	-0.7168	3.0464	-0.3375	0.3339	-0.7861	0.1254	0.2953	0.8905	0.608	-0.5694	0.05	0.2827	-0.0486	0.0363	0.2642	-0.0103	0.4132	32.5984	3.5194	9.682
3	2.1482	1.126	0.9112	2.8737	-0.3562	5.4103	0.4015	0.7025	0.0336	-0.8507	-0.4129	-0.1765	-0.0523	-0.1247	-0.0635	0.359	-0.0425	0.0142	0.5818	0.114	0.3612	46.1137	20.1378	-1.8569
4	3.799	-0.6429	0.7636	2.9772	-0.2848	3.3129	-0.2916	-0.2608	0.2834	0.5791	0.1702	0.1769	-0.4931	-0.2993	0.0846	0.35	0.1127	0.0159	0.2128	-0.0238	0.2353	34.8864	23.598	17.1605
5	3.6952	0.2335	-5.0148	-0.0253	-0.3349	6.8486	-0.6672	-0.5993	-0.3588	0.5352	0.4017	-0.3472	0.5677	0.532	0.31	0.5799	0.1703	0.0206	0.4114	0.0333	0.3083	47.6106	11.6907	22.9729
6	3.7103	-1.8851	2.1197	4.762	-0.579	3.9188	0.1293	0.324	-0.3218	-0.2685	-0.1067	0.4691	0.0836	-0.0904	-0.0049	0.1638	0.0196	0.0065	0.2212	-0.0223	0.2478	33.3451	13.0261	3.4312
7	6.6345	-6.1698	-5.9854	6.3317	6.0624	8.6042	0.5376	0.8664	0.1081	-0.1905	-0.2608	-0.1369	-0.3624	-0.5901	-0.2975	0.2359	-0.0048	0.0544	0.17	0.0498	0.4021	39.3112	3.5325	8.4846
8	5.4318	1.0097	-0.8041	4.2521	-3.0757	6.4318	-0.31	-0.6767	0.2079	0.3199	0.1726	0.2282	-0.3151	-0.3156	0.1515	0.3322	0.1721	-0.0514	0.5404	-0.0991	0.2291	16.4377	49.1364	39.2488
9	6.7963	0.4189	-0.0041	4.6692	-1.5238	5.9024	-0.5928	-0.2423	1.1364	0.424	0.1749	-0.3933	-0.8755	0.7784	0.3869	0.3637	0.0174	-0.0873	0.3131	-0.0758	0.3689	23.9664	56.7191	28.1191
10	4.2102	-6.3183	-1.9413	9.9637	1.6684	4.8618	0.3127	1.2869	-0.5782	-0.9457	-0.8257	0.4078	0.5697	-0.2704	0.3888	0.8483	-0.2131	0.1064	0.8584	-0.263	0.6232	14.144	39.6484	13.0958
11	4.8681	-0.1434	-6.0611	1.8412	-0.5836	8.8226	-0.7958	0.3327	-0.7017	-0.0059	0.2784	0.0468	0.8151	-0.1106	0.6694	0.4752	0.2153	0.0458	0.403	0.0401	0.3439	24.4073	37.637	24.2547
12	2.1532	-0.6836	-0.4699	2.71	-1.1496	2.9023	-0.6627	-0.9228	-0.4488	0.4379	0.173	-0.1774	1.0934	1.2088	0.2198	0.5558	0.4389	0.059	0.728	0.1488	0.3231	27.3682	38.8404	35.2528
13	3.2504	0.3624	3.6992	0.0171	0.3993	4.2074	-0.3887	-1.4503	0.3406	0.3414	0.4376	0.2363	-0.0277	-0.4843	0.1557	0.3828	0.1795	0.0383	0.7081	-0.0774	0.319	10.8014	45.8849	38.3937
14	3.8459	-1.9846	-5.1137	4.7702	0.9128	7.6122	-0.1359	0.1857	-0.0401	-0.1423	0.0213	-0.3324	0.4325	0.5184	0.1082	0.2632	0.0615	-0.0154	0.2902	0.0386	0.215	25.326	45.1409	20.3051
15	5.078	-1.2052	4.3903	7.561	-1.4804	3.8482	-0.1983	1.505	0.9241	-0.9497	-0.0031	-0.5501	0.4788	0.9185	0.2954	0.4848	-0.0274	0.0416	0.5686	0.1235	0.4115	24.6533	55.247	16.2013
16	7.3354	-2.3416	-0.7703	7.492	-2.9465	4.1764	0.0147	0.098	0.8744	0.1148	-0.0129	0.3867	0.0232	-0.0153	-0.0286	0.2273	0.0509	0.017	0.1218	-0.0151	0.318	16.4716	56.4542	24.3218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 56 )	A	27 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 70 )	A	57 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 136 )	A	71 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 137 through 159 )	A	137 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 160 through 207 )	A	160 - 207
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 208 through 221 )	A	208 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 19 )	B	1 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 56 )	B	20 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 57 through 70 )	B	57 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 89 )	B	71 - 89
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 90 through 136 )	B	90 - 136
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 137 through 159 )	B	137 - 159
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 160 through 189 )	B	160 - 189
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 190 through 207 )	B	190 - 207
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 208 through 221 )	B	208 - 221

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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