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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8edd | |||||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus endonuclease IV Y33F mutant | |||||||||
要素 | Probable endonuclease 4 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / endonuclease 4 / DNA repair / metalloenzyme / mutant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Saper, M.A. / Kirillov, S. / Isupov, M.N. / Wiener, R. / Rouvinski, A. | |||||||||
資金援助 | イスラエル, Kazakhstan, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Octahedrally coordinated iron in the catalytic site of endonuclease IV from Staphylococcus aureus 著者: Kirillov, S. / Isupov, M.N. / Paterson, N. / Wiener, R. / Abeldenov, S. / Saper, M.A. / Rouvinski, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8edd.cif.gz | 215 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8edd.ent.gz | 147.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8edd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8edd_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8edd_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8edd_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8edd_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/8edd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/8edd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8axySC 8pkbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33199.539 Da / 分子数: 1 / 変異: Y33F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: nfo, SAR1634 / プラスミド: pET11A-SaNfo(Y33F) / 詳細 (発現宿主): Amp resistant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEBExpress / 参照: UniProt: Q6GGE2, deoxyribonuclease IV |
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-非ポリマー , 5種, 203分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 % / 解説: needle |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein in 20 mM phosphate. Precipitant: 20-30% polyethylene glycol 3350, 200 mM NaCl, 100 mM BisTris, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→152.77 Å / Num. obs: 41699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.19 % / Biso Wilson estimate: 19.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 13.51 % / Rmerge(I) obs: 3.394 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2173 / CC1/2: 0.305 / Rpim(I) all: 0.955 / Rrim(I) all: 3.527 / % possible all: 99.86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8AXY 解像度: 1.5→40.49 Å / SU ML: 0.2163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2523 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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