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- PDB-8eda: An alternating AT dodecamer benzimidazole (DB1476) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eda
タイトルAn alternating AT dodecamer benzimidazole (DB1476) complex
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / SMALL MOLECULE / MINOR GROOVE
機能・相同性Chem-WFB / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
引用ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023
タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences.
著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D.
履歴
登録2022年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7054
ポリマ－7,3272
非ポリマー3792
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.743, 39.895, 66.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21(chain C and resid 13 through 24)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DC / Beg label comp-ID: DC / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Label seq-ID: 1 - 12

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1chain BBA1 - 12
2(chain C and resid 13 through 24)CB13 - 24

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: A self-complementary DNA (5'-CGCGATATCGCG-3') bound by the ligand (DB1476).
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-WFB / 4,4'-(1H-benzimidazole-2,6-diyl)di(benzene-1-carboximidamide)


分子量: 354.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE, SPERMINE TETRACHLORIDE, SODIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月18日
放射モノクロメーター: double-crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→34.21 Å / Num. obs: 8949 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 1.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / Num. unique obs: 840 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC3.27data processing
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BNA

1bna


解像度: 1.63→34.21 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 889 9.97 %
Rwork0.1827 8030 -
obs0.1847 8919 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.09 Å2 / Biso mean: 26.9094 Å2 / Biso min: 14.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 48 118 652
Biso mean--31.56 35.89 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.402879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.178258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01829
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B232X-RAY DIFFRACTION7.661TORSIONAL
12C232X-RAY DIFFRACTION7.661TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.63-1.730.2621390.20091272141197
1.73-1.870.22481460.190913051451100
1.87-2.060.29251480.205213261474100
2.06-2.350.21241490.207913511500100
2.35-2.960.23981490.211613501499100
2.96-34.210.16331580.15721426158499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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