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万見
- PDB-8ecv: Bovine Fab 2F12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ecv
タイトルBovine Fab 2F12
要素
  • 2F12 Fab Heavy chain
  • 2F12 Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis ...CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin lambda constant 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: The smallest functional antibody fragment: Ultralong CDR H3 antibody knob regions potently neutralize SARS-CoV-2.
著者: Huang, R. / Warner Jenkins, G. / Kim, Y. / Stanfield, R.L. / Singh, A. / Martinez-Yamout, M. / Kroon, G.J. / Torres, J.L. / Jackson, A.M. / Kelley, A. / Shaabani, N. / Zeng, B. / Bacica, M. / ...著者: Huang, R. / Warner Jenkins, G. / Kim, Y. / Stanfield, R.L. / Singh, A. / Martinez-Yamout, M. / Kroon, G.J. / Torres, J.L. / Jackson, A.M. / Kelley, A. / Shaabani, N. / Zeng, B. / Bacica, M. / Chen, W. / Warner, C. / Radoicic, J. / Joh, J. / Dinali Perera, K. / Sang, H. / Kim, T. / Yao, J. / Zhao, F. / Sok, D. / Burton, D.R. / Allen, J. / Harriman, W. / Mwangi, W. / Chung, D. / Teijaro, J.R. / Ward, A.B. / Dyson, H.J. / Wright, P.E. / Wilson, I.A. / Chang, K.O. / McGregor, D. / Smider, V.V.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 2F12 Fab Light chain
H: 2F12 Fab Heavy chain
A: 2F12 Fab Light chain
B: 2F12 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7174
ポリマ－101,7174
非ポリマー00
水9,440524
1
L: 2F12 Fab Light chain
H: 2F12 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8592
ポリマ－50,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
2
A: 2F12 Fab Light chain
B: 2F12 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8592
ポリマ－50,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.366, 73.735, 142.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.964, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 2F12 Fab Light chain


分子量: 22527.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY2
#2: 抗体 2F12 Fab Heavy chain


分子量: 28330.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M phosphate-citrate buffer, 20% Peg6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→37 Å / Num. obs: 70456 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 17.64 Å2 / CC1/2: 0.951 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.584 / Net I/av σ(I): 10.1 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3942 / CC1/2: 0.401 / Rpim(I) all: 0.634 / Rrim(I) all: 1.13 / Χ2: 0.937 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6oo0

6oo0


解像度: 1.81→36.98 Å / SU ML: 0.2421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 3549 5.05 %
Rwork0.2192 66781 -
obs0.2213 70330 87.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→36.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7030 0 0 524 7554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00657184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72159800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.82312552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.830.33071220.30122255X-RAY DIFFRACTION74.05
1.83-1.860.28951450.2773014X-RAY DIFFRACTION97.86
1.86-1.880.32221940.2822916X-RAY DIFFRACTION97.92
1.88-1.910.4684710.40511187X-RAY DIFFRACTION38.91
1.91-1.950.44381510.42142630X-RAY DIFFRACTION86.99
1.95-1.980.29751580.26882949X-RAY DIFFRACTION96.85
1.98-2.010.2461680.22762992X-RAY DIFFRACTION96.61
2.01-2.050.24481280.21812866X-RAY DIFFRACTION95.11
2.05-2.10.29641520.22192864X-RAY DIFFRACTION93.06
2.1-2.140.27161260.22742762X-RAY DIFFRACTION90.08
2.14-2.190.27771560.2392936X-RAY DIFFRACTION95.76
2.19-2.250.3593730.32561393X-RAY DIFFRACTION45.08
2.25-2.310.4736690.34651510X-RAY DIFFRACTION49.42
2.31-2.370.28441650.23293029X-RAY DIFFRACTION98.64
2.37-2.450.28771710.22612961X-RAY DIFFRACTION97.78
2.45-2.540.29161750.22542972X-RAY DIFFRACTION97.46
2.54-2.640.2671740.21782939X-RAY DIFFRACTION95.55
2.64-2.760.26051740.21532870X-RAY DIFFRACTION95.3
2.76-2.910.24091530.21272942X-RAY DIFFRACTION95.73
2.91-3.090.25591180.21122760X-RAY DIFFRACTION88.74
3.09-3.330.24571440.20272982X-RAY DIFFRACTION96.81
3.33-3.660.25291120.19272431X-RAY DIFFRACTION78.01
3.66-4.190.20771510.1752637X-RAY DIFFRACTION85.34
4.19-5.270.20471480.15263046X-RAY DIFFRACTION97.05
5.28-36.980.18881510.19792938X-RAY DIFFRACTION93.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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