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- PDB-8ecg: Complex of HMG1 with pitavastatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ecg
タイトルComplex of HMG1 with pitavastatin
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site ...Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pitavastatin / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Haywood, J. / Bond, C.S.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE180101445 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP190101048 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)LE190100123 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A fungal tolerance trait and selective inhibitors proffer HMG-CoA reductase as a herbicide mode-of-action.
著者: Haywood, J. / Breese, K.J. / Zhang, J. / Waters, M.T. / Bond, C.S. / Stubbs, K.A. / Mylne, J.S.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年9月14日ID: 7ULM
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1663
ポリマ－50,6531
非ポリマー5142
水34219
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,66412
ポリマ－202,6104
非ポリマー2,0548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area22940 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area40860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.550, 85.550, 265.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-719-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1 / AtHMGR1 / HMG-CoA reductase 1


分子量: 50652.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HMG1, HMGR1, At1g76490, F14G6.9, F15M4.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14891, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PV9 / Pitavastatin / (3R,5S,6E)-7-[2-cyclopropyl-4-(4-fluorophenyl)quinolin-3-yl]-3,5-dihydroxyhept-6-enoic acid / (3R,5S)-3,5-ジヒドロキシ-7-[2-シクロプロピル-4-(4-フルオロフェニル)-3-キノリニル]-6-ヘ(以下略)


分子量: 421.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24FNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 35% w/v poly(acrylic acid sodium salt) 2100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→45.07 Å / Num. obs: 17134 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 18.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.13→2.364 Å / Num. unique obs: 857 / CC1/2: 0.341

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ULI

7uli


解像度: 2.13→45.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 7.475 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.268 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 920 5.37 %
Rwork0.223 16213 -
all0.225 --
obs-17133 60.907 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.031 Å2-0 Å20 Å2
2---0.031 Å20 Å2
3---0.061 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2523 0 37 19 2579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0152472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.6453513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3011.5855662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3595356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.54922.913103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.66115401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2261513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.22280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1510.21287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1170.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8892.8811423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.892.8791422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1094.2941771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1084.2971772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0833.0791174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0823.081175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3584.5251738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3574.5271739
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.15834.4612722
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.15734.462723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.1850.64550.38958X-RAY DIFFRACTION3.0958
2.185-2.2450.39370.383171X-RAY DIFFRACTION8.9178
2.245-2.310.343150.327279X-RAY DIFFRACTION15.1703
2.31-2.3810.336250.314416X-RAY DIFFRACTION23.5703
2.381-2.460.425290.308560X-RAY DIFFRACTION31.8896
2.46-2.5460.367400.287653X-RAY DIFFRACTION39.4198
2.546-2.6420.302380.28821X-RAY DIFFRACTION50.2046
2.642-2.750.315630.2771024X-RAY DIFFRACTION65.4425
2.75-2.8720.311670.281252X-RAY DIFFRACTION83.481
2.872-3.0120.296640.2711366X-RAY DIFFRACTION95.3333
3.012-3.1750.27810.2441386X-RAY DIFFRACTION99.5251
3.175-3.3670.246840.2391277X-RAY DIFFRACTION99.8533
3.367-3.60.305740.2171215X-RAY DIFFRACTION99.9225
3.6-3.8880.237790.2041146X-RAY DIFFRACTION99.9184
3.888-4.2590.23550.1761066X-RAY DIFFRACTION99.9109
4.259-4.7610.16540.157975X-RAY DIFFRACTION99.7093
4.761-5.4960.26440.168866X-RAY DIFFRACTION99.8902
5.496-6.7280.271350.23755X-RAY DIFFRACTION99.7475
6.728-9.5030.25410.202585X-RAY DIFFRACTION99.2076

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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