PDB-7uli: Apo HMG-CoA Reductase from Arabidopsis thaliana (HMG1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uli

タイトル

Apo HMG-CoA Reductase from Arabidopsis thaliana (HMG1)

要素

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Apo

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Haywood, J. / Bond, C.S.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Australian Research Council (ARC)	DE180101445	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP190101048	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	LE190100123	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A fungal tolerance trait and selective inhibitors proffer HMG-CoA reductase as a herbicide mode-of-action.
著者: Haywood, J. / Breese, K.J. / Zhang, J. / Waters, M.T. / Bond, C.S. / Stubbs, K.A. / Mylne, J.S.

履歴

登録	2022年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uli.cif.gz	150 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uli.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7uli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7uli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ecgC 1hw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (13)

登録構造単位

AAA: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1

ソフトウェアが定義した集合体
255 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.578, 85.578, 266.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-679- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1 / AtHMGR1 / HMG-CoA reductase 1 分子量: 63660.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HMG1, HMGR1, At1g76490, F14G6.9, F15M4.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14891, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1 / AtHMGR1 / HMG-CoA reductase 1

分子量: 63660.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HMG1, HMGR1, At1g76490, F14G6.9, F15M4.1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14891, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 35% w/v poly(acrylic acid sodium salt)2100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.302 Å / Num. obs: 39592 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2488 / CC_1/2: 0.549

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HW8

1hw8

解像度: 1.9→45.302 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 5.331 / SU ML: 0.14 / Average fsc free: 0.8225 / Average fsc work: 0.8248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	2031	5.135 %
R_work	0.2073	37524	-
all	0.209	-	-
obs	-	39555	99.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.981 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.981 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.962 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2657	0	0	92	2749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.625	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.334	1.575	5880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.371	5	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.963	23.084	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.161	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.744	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.091	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.242	5.027	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.239	5.025	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.272	7.504	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.272	7.505	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.003	5.205	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.001	5.206	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.326	7.686	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.324	7.686	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.799	60.195	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.785	60.158	2799

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.485	115	0.423	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.8953
1.949-2.003	0.343	160	0.373	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.9643
2.003-2.061	0.352	128	0.331	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.324	133	0.306	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.194	0.292	119	0.261	2439	X-RAY DIFFRACTION	99.9609
2.194-2.271	0.264	135	0.253	2347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.271-2.357	0.28	128	0.228	2290	X-RAY DIFFRACTION	99.9587
2.357-2.453	0.272	110	0.218	2228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.562	0.258	126	0.215	2105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.562-2.687	0.299	109	0.201	2033	X-RAY DIFFRACTION	99.9533
2.687-2.832	0.225	108	0.191	1938	X-RAY DIFFRACTION	99.9511
2.832-3.004	0.22	90	0.187	1839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.004-3.211	0.217	104	0.178	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.468	0.198	99	0.181	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.9413
3.468-3.799	0.249	94	0.183	1495	X-RAY DIFFRACTION	99.9371
3.799-4.247	0.238	77	0.175	1360	X-RAY DIFFRACTION	99.9305
4.247-4.903	0.181	69	0.164	1216	X-RAY DIFFRACTION	99.8446
4.903-6.003	0.238	49	0.2	1050	X-RAY DIFFRACTION	100
6.003-8.481	0.243	53	0.222	826	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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