+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ec4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | XFEL structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase microcrystals mixed with sulbactam for 240ms | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/Inhibitor / Beta lactamase / sulbactam / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malla, T.N. / Schmidt, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Heterogeneity in M. tuberculosis beta-lactamase inhibition by Sulbactam. 著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. ...著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. / Sierra, R.G. / Tolstikova, A. / Yefanov, O. / Yoon, C.H. / Ourmazd, A. / Fromme, P. / Schwander, P. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Stojkovic, E.A. / Batyuk, A. / Boutet, S. / Phillips Jr., G.N. / Pollack, L. / Schmidt, M. #1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2023 タイトル: Heterogeneity in the M. tuberculosis beta-Lactamase Inhibition by Sulbactam. 著者: Schmidt, M. / Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J. / Mariani, V. / Pandey, S. / ...著者: Schmidt, M. / Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. / Sierra, R. / Tolstikova, A. / Yefanov, O. / Yoon, C.H. / Ourmazd, A. / Fromme, P. / Schwander, P. / Barty, A. / Chapman, H. / Stojkovic, E. / Batyuk, A. / Boutet, S. / Phillips, G. / Pollack, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 263.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 170.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ebiC ![]() 8ebrC ![]() 8ecfC ![]() 8gcsC ![]() 8gctC ![]() 8gcvC ![]() 8gcxC ![]() 6b5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-TSL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: batch mode / pH: 4.1 / 詳細: 2.4 M ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SLAC ePix10k 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.26 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→22.42 Å / Num. obs: 68441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 446 % / Biso Wilson estimate: 57.97 Å2 / CC1/2: 0.97 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 3.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 6775 / CC1/2: 0.25 / CC star: 0.64 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6b5x 解像度: 2.35→22.42 Å / SU ML: 0.4807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.3204 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→22.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|