PDB-8ebz: Crystal Structure of GMPPNP-bound KRAS-G13D mutant at 1.2 Ang res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ebz

タイトル

Crystal Structure of GMPPNP-bound KRAS-G13D mutant at 1.2 Ang resolution

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

ONCOPROTEIN / KRAS / K-RAS / mutant / cancer / RAS / small GTPase / GMPPNP / GppNHp / G13D / hydrolase

機能・相同性

small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Isoform 2B of GTPase KRas

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Chan, A.H. / Simanshu, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Reduced dynamic complexity allows structure elucidation of an excited state of KRAS G13D .
著者: Chao, F.A. / Chan, A.H. / Dharmaiah, S. / Schwieters, C.D. / Tran, T.H. / Taylor, T. / Ramakrishnan, N. / Esposito, D. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Simanshu, D.K. / Cornilescu, G.

履歴

登録	2022年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ebz.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ebz.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ebz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ebz_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ebz_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	8ebz_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8ebz_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8epwC 3gftS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.930, 38.230, 36.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.280, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-398- HOH
2	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19402.848 Da / 分子数: 1 / 変異: G13D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 % / 解説: 3D rectangle
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 400, 20% PEG 8000, 50 mM Magnesium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→35.349 Å / Num. obs: 48372 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.724 % / B_iso Wilson estimate: 12.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 1.053 / Net I/σ(I): 20.33 / Num. measured all: 276904

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.2-1.23	5.498	0.188	7.69	18318	3732	3332	0.983	0.208	89.3
1.23-1.26	5.685	0.168	8.59	18759	3641	3300	0.987	0.185	90.6
1.26-1.3	5.414	0.149	9.27	17618	3525	3254	0.986	0.165	92.3
1.3-1.34	5.363	0.129	10.62	17214	3433	3210	0.991	0.143	93.5
1.34-1.39	6.024	0.111	12.8	18679	3329	3101	0.994	0.122	93.2
1.39-1.43	5.975	0.102	14.2	18092	3211	3028	0.994	0.112	94.3
1.43-1.49	5.797	0.086	16.14	17066	3111	2944	0.994	0.094	94.6
1.49-1.55	5.868	0.075	18.8	17159	3017	2924	0.996	0.082	96.9
1.55-1.62	5.775	0.07	20.95	16042	2841	2778	0.996	0.077	97.8
1.62-1.7	5.661	0.063	23.27	15455	2775	2730	0.996	0.069	98.4
1.7-1.79	5.274	0.055	24.66	13095	2603	2483	0.996	0.061	95.4
1.79-1.9	6.079	0.049	28.89	15112	2507	2486	0.998	0.054	99.2
1.9-2.03	6.042	0.046	31.56	14042	2344	2324	0.998	0.05	99.1
2.03-2.19	5.839	0.045	32.45	12560	2164	2151	0.998	0.049	99.4
2.19-2.4	5.808	0.044	33.09	11576	2001	1993	0.997	0.048	99.6
2.4-2.68	5.721	0.042	33.39	10310	1817	1802	0.998	0.046	99.2
2.68-3.1	5.351	0.04	32.75	8502	1620	1589	0.997	0.045	98.1
3.1-3.79	5.841	0.039	35.18	7588	1381	1299	0.998	0.043	94.1
3.79-5.37	6.071	0.038	36.08	6441	1066	1061	0.998	0.042	99.5
5.37-35.349	5.619	0.037	34.46	3276	615	583	0.996	0.041	94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GFT

3gft

解像度: 1.2→35.349 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1709	4867	10.06 %	Random
R_work	0.1591	43497	-	-
obs	0.1603	48364	95.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.1 Å² / B_iso mean: 20.6357 Å² / B_iso min: 8.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→35.349 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1346	0	36	186	1568
B_iso mean	-	-	10.21	30.44	-
残基数	-	-	-	-	170

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.2142	141	0.1893	1336	90
1.2136-1.2279	0.2196	158	0.1864	1364	89
1.2279-1.2428	0.2044	156	0.1854	1383	90
1.2428-1.2586	0.2055	152	0.1803	1327	91
1.2586-1.2751	0.1915	157	0.1812	1343	91
1.2751-1.2926	0.2137	169	0.1798	1438	94
1.2926-1.3111	0.1989	141	0.1743	1411	93
1.3111-1.3306	0.209	155	0.1788	1394	94
1.3306-1.3514	0.1997	148	0.1782	1458	93
1.3514-1.3736	0.1792	166	0.174	1379	93
1.3736-1.3973	0.1989	168	0.1726	1425	94
1.3973-1.4227	0.2396	130	0.169	1435	94
1.4227-1.45	0.2005	161	0.1731	1428	95
1.45-1.4796	0.1838	169	0.1676	1412	94
1.4796-1.5118	0.174	162	0.1673	1499	97
1.5118-1.547	0.1936	160	0.1692	1461	97
1.547-1.5857	0.1821	177	0.1616	1453	97
1.5857-1.6285	0.1903	153	0.1586	1501	99
1.6285-1.6765	0.167	189	0.1588	1469	98
1.6765-1.7306	0.1629	153	0.1608	1502	97
1.7306-1.7924	0.2058	172	0.1653	1406	95
1.7924-1.8642	0.1798	161	0.1654	1535	99
1.8642-1.949	0.1702	166	0.1618	1508	99
1.949-2.0518	0.1494	171	0.1505	1534	99
2.0518-2.1803	0.1787	173	0.1588	1512	100
2.1803-2.3486	0.163	162	0.1556	1538	99
2.3486-2.5849	0.1863	179	0.1623	1502	100
2.5849-2.9588	0.1773	169	0.17	1528	99
2.9588-3.7271	0.1445	171	0.1421	1455	94
3.7271-35.349	0.1464	178	0.1454	1561	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5857	0.3909	0.0669	0.2659	0.3931	0.4515	0.1109	-0.0687	-0.1446	0.0819	-0.0859	-0.0919	0.1412	0.0115	-0.0056	0.1418	-0.013	-0.0105	0.0895	0.0199	0.1294	-25.5002	-21.4108	11.9526
2	-0.0229	-0.0192	-0.1002	0.2106	-0.0084	0.1909	-0.0491	0.0092	0.0166	-0.0772	-0.0261	0.3052	0.018	-0.1402	0.007	0.1458	0.0147	-0.0068	0.1226	-0.0016	0.1957	-35.7314	-17.4304	4.2289
3	0.142	0.2141	-0.116	0.1807	0.0263	0.3284	0.0401	0.0434	-0.1858	-0.2487	-0.0603	0.2293	-0.0046	0.0512	0.0016	0.13	0.0144	0	0.1021	0.0078	0.1945	-26.1858	-24.9055	15.5829
4	0.6843	0.0341	-0.315	0.3248	0.0081	0.367	0.0988	-0.0883	0.1059	-0.3599	-0.0748	0.1059	-0.1414	0.2172	0.0302	0.2053	-0.0118	0.0084	0.1231	-0.0013	0.1336	-25.2771	-7.2056	19.1947
5	0.0556	0.0663	-0.0158	0.1998	0.1323	0.1112	-0.0078	-0.0308	0.0254	0.0428	0.0054	-0.0338	-0.2528	0.1662	0.0035	0.0985	-0.0012	0.0026	0.12	-0.0026	0.0891	-18.4316	-14.5264	7.4961
6	0.9136	0.0735	-0.1814	0.6098	0.0645	0.2871	0.0015	-0.0357	-0.0093	-0.0264	0.0484	-0.0938	-0.0336	0.2204	0.0141	0.1018	-0.009	0.0038	0.1399	-0.0059	0.1056	-14.812	-11.304	8.1274
7	0.2108	0.1489	0.1909	0.2238	-0.0846	1.0536	0.2379	0.0994	-0.1886	0.0578	0.0981	-0.2365	-0.1688	0.3968	0.0758	0.1214	0.0169	0.0009	0.3076	-0.0132	0.1577	-6.0432	-14.2517	3.4191
8	0.0538	0.0985	0.0097	0.0327	-0.124	0.1594	0.0561	0.0613	-0.1772	0.0495	0.0302	-0.0209	0.1677	0.195	0.0014	0.1209	0.0144	-0.0154	0.1374	-0.0151	0.131	-17.9624	-22.2203	1.6551
9	0.113	-0.0418	-0.0355	0.4571	-0.1551	0.1084	0.1718	-0.1485	-0.2899	-0.0137	-0.1136	-0.0835	0.2969	0.1372	-0.0273	0.1402	0.0223	-0.0353	0.2005	0.0171	0.1803	-14.2066	-26.7574	14.7528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 25 )	A	0 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 36 )	A	26 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 61 )	A	37 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 74 )	A	62 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 86 )	A	75 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 126 )	A	87 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 127 through 137 )	A	127 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 138 through 151 )	A	138 - 151
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 152 through 169 )	A	152 - 169

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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