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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eae | ||||||
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タイトル | Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5-pppG(2,5)pI | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Transferase-DNA complex / cGAS / pppG(2 / 5)pI / IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS. 著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 388.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 312.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g10C ![]() 8g1jC ![]() 8g23C ![]() 8gimC ![]() 8ginC ![]() 8gioC ![]() 8gipC ![]() 8girC ![]() 8gisC ![]() 8gitC ![]() 8shkC ![]() 8shuC ![]() 8shyC ![]() 8shzC ![]() 8si0C ![]() 8sj0C ![]() 8sj1C ![]() 8sj2C ![]() 8sj8C ![]() 8sktC ![]() 7uuxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Mouse Cyclic GMP-AMP synthase catalytic domain 147-507; three extra residues at the N terminus (G from TEV site, TG from AgeI site). 由来: (組換発現) ![]() ![]() 詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DNA molecule (その他) / Plasmid details: IDT |
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-非ポリマー , 4種, 65分子 ![](data/chem/img/VLO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 4-degree Celsius in cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.920119 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.56→29.76 Å / Num. obs: 35867 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 201302 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7UUX 解像度: 2.56→28.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 22.034 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.683 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 208.56 Å2 / Biso mean: 65.096 Å2 / Biso min: 26.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.56→28.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.56→2.625 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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