PDB-8e9v: Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9v

タイトル

Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VFIT in the ligand-free form at 303 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9v.cif.gz	547.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9v.ent.gz	380.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9qC 8e9rC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44793.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, maleate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 303 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→124.96 Å / Num. obs: 64155 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 34.87 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 3220 / CC_1/2: 0.357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 2.01→71.92 Å / SU ML: 0.2595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	6464	10.09 %
R_work	0.1684	57614	-
obs	0.1712	64078	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→71.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6118	0	0	222	6340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	6377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5169	8688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0385	957
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3589	2279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.03	0.3709	214	0.329	1860	X-RAY DIFFRACTION	96.69
2.03-2.05	0.3372	212	0.3173	1912	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.05-2.08	0.3189	212	0.3093	1905	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.08-2.11	0.3033	216	0.3027	1904	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.11-2.13	0.3165	216	0.2975	1924	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.13-2.16	0.3031	216	0.2834	1904	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.16-2.19	0.2918	212	0.2684	1891	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.19-2.23	0.2575	233	0.2588	1914	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.23-2.26	0.3007	234	0.2418	1908	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.26-2.3	0.2743	234	0.2347	1887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2584	188	0.2268	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.2459	187	0.212	1925	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.38-2.43	0.2504	204	0.2049	1950	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.43-2.48	0.2301	218	0.1996	1927	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.48-2.53	0.2509	211	0.206	1900	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.53-2.59	0.2304	208	0.1975	1943	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.59-2.65	0.2496	219	0.1966	1901	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.65-2.72	0.2306	212	0.1874	1898	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.72-2.8	0.2121	225	0.1784	1915	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.8-2.9	0.2348	203	0.1654	1927	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.9-3	0.1925	248	0.1621	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.12	0.2165	233	0.1659	1915	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.12-3.26	0.1975	221	0.1599	1894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.43	0.1787	208	0.1504	1954	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.43-3.65	0.1542	205	0.1304	1920	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.65-3.93	0.151	214	0.1222	1955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.32	0.1428	210	0.1123	1933	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.95	0.1312	233	0.1102	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-6.24	0.1625	210	0.1404	1969	X-RAY DIFFRACTION	100
6.24-71.92	0.1395	208	0.1482	2003	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.820464459406	-1.05997111253	0.922065242179	3.59665278373	-1.03987530144	1.01513263895	-0.266083264172	-0.304676907256	0.169978597373	0.113781670339	0.156575979706	0.294883546156	-0.0268261114008	-0.324774645995	0.09260811202	0.404381322035	-0.0129819588365	0.000161721937163	0.375915110723	-0.0151127618033	0.457990472489	21.0743259713	-50.72385848	7.19435771865
2	3.08335080085	2.64616820625	1.84592212687	7.05819334442	3.21960903786	3.93646541349	0.152701497742	-0.242489347472	-0.17746753654	0.588426096765	-0.172185026214	-0.351785608052	0.266214248163	-0.229610406858	-0.0151468233069	0.393282017346	-0.00314665115151	-0.023018388643	0.246544963651	0.0413542488248	0.24460988331	44.2079381719	-50.2026312639	21.2233479514
3	0.530575979607	0.0649123698848	-0.25070996851	1.66201558017	0.582140889116	1.97313603718	0.0114426715468	-0.0306233263902	0.0885996867335	0.0156571337054	0.0503511155744	-0.187362079968	-0.02419559517	0.219249433958	-0.0673856721707	0.241663724581	-0.0462951407357	-0.0127033849686	0.238591525232	-0.000660803075147	0.271292782133	47.7080579438	-36.2697358197	1.5236693082
4	0.670675484585	0.184241866858	0.178830772631	1.48226935911	0.695038792075	2.61556554067	-0.00375331713563	0.0905555014786	-0.0530578411453	-0.111835554792	0.0719733463576	-0.139865724678	0.137033555724	0.197021011648	-0.0633005737624	0.243960472955	-0.0267517551819	-0.00803955824677	0.24290319032	-0.00935824609852	0.265790327061	46.4208150817	-44.9473743675	-4.35826160813
5	4.41123175341	4.55212081434	2.48465253754	7.83241661276	3.33627716035	3.31055084457	0.150519445242	0.0109531143406	-0.218149471468	0.483545181028	-0.0252514124078	-0.638068384636	0.422412791081	0.014936799396	-0.128835809164	0.374183600974	0.0683462150789	-0.0323512956042	0.25232632763	0.0328246842081	0.271733149461	47.8342404452	-62.7142898454	11.0658206725
6	1.7070426992	0.316982791039	-0.333737506983	3.06346479284	-0.570442658366	2.24297550877	0.0244858425639	0.162573184593	-0.0138987452994	-0.192906264109	0.122856673729	0.151116852629	0.163065531216	-0.426121197428	-0.176707487859	0.426406762291	-0.0148340218329	-0.0238033231345	0.372188441523	0.0129013770867	0.301736857927	31.809816152	-67.3733197971	2.81012685813
7	0.319004204262	0.665245457073	0.970285054449	2.20400531763	2.27622914724	2.97220320438	-0.217246591485	0.0284738950718	0.0400580629118	-0.299675254974	0.0563015521746	0.0833432051736	0.00121863369894	0.289473750824	0.149044043239	0.441204084606	-0.0412135369767	0.0202290979777	0.393775796813	-0.0203288631279	0.411204208375	50.2838801424	-17.3769990984	6.95452853299
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9	0.891284452554	-0.207403514332	0.455847473449	2.25703892721	0.617325051799	1.25529501202	0.0541142047263	-0.0966268179852	-0.0693447937589	0.452498532354	-0.300782299244	0.568017025397	0.13310197658	-0.368845141914	0.205387177633	0.340450003124	-0.128908079395	0.0828353461573	0.392945979227	-0.0743398164703	0.40727024542	22.6093030649	-37.1251391234	18.5707876742
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13	2.67905714963	2.92039570517	-0.519059627804	3.18554251731	-0.657847505355	0.917452008135	0.28139629754	-0.218857408784	0.398935170322	0.968982356777	-0.308838612818	0.762765989495	0.0806299985702	-0.168467885013	-0.0315769648045	0.430590597138	-0.0200519765863	0.0544449889137	0.397662625303	-0.122876277276	0.372079363047	35.0916355614	-13.6020818838	31.9426046776
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15	2.20376720877	0.682667052852	-0.159055638592	2.54269416978	0.118838428723	1.81212540728	0.0661558658675	0.110650507188	0.0335338416087	-0.074162718318	0.0508985920061	0.118004597893	0.0377493639714	0.0666686938833	0.0332309506181	0.304093994035	-0.0111635931342	-0.0117722601323	0.305472400315	-0.0655504377113	0.321656472308	45.5785966708	-5.3022824815	21.6586305416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 300 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 301 through 331 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 332 through 396 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 32 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 33 through 59 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 60 through 101 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 102 through 168 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 169 through 222 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 223 through 300 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 301 through 331 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 332 through 365 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 366 through 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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