PDB-8e9q: Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant HE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9q

タイトル

Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant HEX bound to maleic acid at 278 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9q.cif.gz	503.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9q.ent.gz	408.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9rC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44794.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, maleate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→81.78 Å / Num. obs: 88385 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 27.49 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 4395 / CC_1/2: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 1.8→71.92 Å / SU ML: 0.2217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.2334
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	8912	10.09 %
R_work	0.1435	79437	-
obs	0.1464	88349	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→71.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6212	0	0	437	6649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	6883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8982	9413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	1015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6249	2550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3342	212	0.3126	1923	X-RAY DIFFRACTION	72.25
1.82-1.84	0.3448	295	0.3141	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.84-1.86	0.3443	302	0.2918	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.86-1.89	0.3119	302	0.2716	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.89-1.91	0.2831	292	0.2542	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.91-1.94	0.2542	301	0.2405	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.96	0.2449	298	0.2237	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.96-1.99	0.239	299	0.2068	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.99-2.02	0.2366	290	0.2051	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.06	0.2205	300	0.1892	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.06-2.09	0.2141	301	0.1966	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.09-2.13	0.2089	301	0.1818	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.13-2.17	0.217	296	0.178	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.17-2.22	0.2088	308	0.1647	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.22-2.26	0.1896	340	0.1529	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.26-2.32	0.1843	303	0.1461	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.32-2.37	0.1792	261	0.1431	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.38-2.44	0.1757	269	0.1394	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.44-2.51	0.1725	321	0.1346	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.59	0.1742	282	0.1382	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.68	0.1732	296	0.1409	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.79	0.1629	312	0.1335	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.92	0.1779	298	0.1367	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.07	0.1735	330	0.1331	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.27	0.1656	323	0.1358	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.1572	287	0.1203	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.87	0.133	290	0.109	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.43	0.1288	307	0.0936	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.58	0.1164	298	0.1012	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-71.92	0.1483	298	0.1488	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.61

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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